Следующий период истории Вологды связан с событиями польско-шведской интервенции. До 1608 года из города посылались деньги и ратные люди «московскому воинству», но когда чужеземцы появились под его стенами, жители города стали непосредственными участниками военных событий. Вражеские отряды периодически грабили, жгли, разоряли посады, города и окрестные села. В первый раз поляки захватили Вологду в результате измены воеводы.
Однако население города, «схватив воеводу и дьяка Ковернева, всех поляков и пленных, отрубили им головы и трупы бросили в реку Золотуху, где их пожирали свиньи и собаки».
Через некоторое время к Вологде вновь подступили отряды интервентов. Для защиты от неприятеля по инициативе вологжан было спешно собрано ополчение северных городов — Великого Устюга, Сольвычегодска, Тотьмы и др. Разбив противника под Вологдой, северное войско двинулось на выручку Костромы, Галича, Ярославля. Но все же в 1612 году из-за оплошности военачальников и горожан Вологда была снова разграблена и выжжена. Успокоенные известиями об успехах ополчения, упившиеся «на радостях» стрелки не смогли оказать сколь-либо серьезного сопротивления отряду интервентов. «Все делалось хмелем. Пропили город Вологду воеводы», — писал архиепископ Сильвестр князю Пожарскому в Москву. «Сентября 22 польские и литовские люди с черкесами и казаками и русскими ворами, пришед на Вологду, безвестно, изгоном и всяких людей посекли, церкви и престолы разорили и город и посады выжгли до основания».
Отстроившийся и оправившийся от страшных бедствий интервенции город в 1632 году «опричь дальних посадов погоре». В 1654 году тяжелый «мор» постиг население Вологды. Во избавление от «моровой язвы» по обычаю тех лет вологжане за одни сутки возвели деревянную церковь Спаса — «Спас обыденный».
Дальнейшая жизнь города, как бы сполна получившего свою долю несчастий, протекала мирно и не примечательна какими-либо внешними событиями.
Значение Вологды с конца XVII века заметно уменьшается. С построением Петербурга Вологда оказывается в стороне от торговых путей и превращается в заштатный провинциальный город.
В исторически сложившейся планировке и застройке города принято различать четыре основные части, на которые прежде подразделялась вся его территория — Город, Верхний и Нижний посады и Заречье (илл. 2).
Так называемый Город — один из центральных районоз современной Вологды. Он расположен на высоком правом берегу реки. Граница Города, некогда составлявшего основное ядро планировки Вологды, проходит по линии современных улиц — Мира, Октябрьской и Ленинградской (илл. 3).