Однако с подобного рода принципами сам Понтоппидан не был согласен. Автор осудил Ханстеда как пророка нового учения, развенчал его «идеализм», назвав это донкихотством. Резкая критика религиозных учений была связана с процессом дальнейшего совершенствования мировоззрения и творческого метода писателя в конце XIX — начале XX века. Рост свободомыслия, усиление национального самосознания и общественной активности масс наиболее полно отразились в следующем крупном романе Понтоппидана.
«Счастливчик Пер» — многоплановое эпическое полотно. Именно в этом произведении Понтоппидан смог отразить сложные конфликты современной эпохи, воссоздать глубокие характеры и порою весьма запутанные отношения между людьми. В романе были подняты жгучие вопросы общественной и политической жизни, морали, философии и культуры. Теперь писатель приходит к более зрелому решению таких проблем, как личность и общество, брак, семья и воспитание детей, деревня и город, религия и наука, перспективы технического прогресса, судьбы искусства и цивилизации.
Идейную концепцию этого программного произведения Понтоппидана ясно передаёт его же новелла «Пленённый дух», тесно связанная с романом по замыслу. Это рассказ об орлёнке, выросшем в пасторском доме. «Царственная птица», несмотря на подрезанные крылья, постоянно доказывала своё превосходство над обитателями птичьего двора. Во время грозы у пленника «рождалась тоска, будто пробуждалось смутное сожаление об утраченной родине». И вот однажды, в день смерти пастора, когда об орлёнке забыли, он решил попробовать свои силы и полетел. И всё же бескрайние просторы, манившие его и вызывавшие беспокойство в груди, оказались для него «чужой страной». Орлёнок ощутил тоску по «дому» и вернулся обратно.
Роман о Счастливчике Пере — глубоко трагическая книга, повествующая о надеждах юности и горьких разочарованиях, об утраченных иллюзиях. В этом смысле она носит в известной степени автобиографический характер. В центре произведения стоит образ Петера-Андреаса Сидениуса, выходца из потомственной пасторской семьи. Столкновения с действительностью начинаются у него уже в годы детства, когда мальчик — единственный из одиннадцати детей пастора — выражает протест против рабской покорности, против домашних обычаев и порядков, сковывавших его волю.
«Гордые мечты» юноши, его тяга в неведомые страны резко контрастируют с той удушающей атмосферой, в которой всё живое обречено на гибель. Естественно, что мир Сидениусов становится в романе символом, олицетворяющим всё мрачное и отсталое, «презрение ко всем земным благам», состояние общественной пассивности. Понтоппидан убедительно показывает этот гнёт мрачных традиций, тяготеющих над мещанами, которые не в состоянии даже постоять за себя.