Склонный к самоанализу, Пер пытается отдать себе отчёт в своих поступках. Однако теперь в его характере несколько неожиданно проступают и черты Сидениуса. Перед ним вновь встают острые проблемы поисков своего пути в жизни, просыпается даже чувство веры.
Вопросам религии в романе отведено довольно значительное место. Воззрения самого Понтоппидана на религию претерпели известную эволюцию. Несколько пассивное отношение к религии в начале творческого пути и объяснение её смысла с точки зрения морально-этической сменяется у писателя осуждением церкви и вероучения в разных его проявлениях, критикой как официальной церкви, так и различного рода сектантских учений, чрезвычайно распространенных в Дании и оказывавших тлетворное влияние на общество.
Пер знакомится с представителями различных религиозных течений. В лице своего отца он увидел служителя церкви, верящего слепо, отдающегося своему делу с самозабвением, порою даже доходящим до фанатизма. Но среди церковников он увидел и немало своеобразных реформаторов. Пастор Бломберг, последователь грундтвигианского учения, казался ему борцом «за так называемое более человеческое отношение к божественным вопросам». Как человек дела, далёкий от религиозного энтузиазма, Пер был склонен идеализировать Бломберга, видел в нём какого-то «викинга-христианина», протестующего против эпохи пара и железных дорог и отстаивающего наивную «веру в природу». Недаром Перу казалось, что в его проповедях «было много такого, что напоминало датский ландшафт». Любопытна в романе и фигура «неверующего» пастора Фьяльтринга, справедливо утверждавшего, что религия превратилась в своего рода «рыночный товар». Все они способствовали формированию бунтарства Пера и его критического отношения к церкви.
Занятия математикой и естествознанием способствовали выработке у Пера объективного взгляда на природу. Но последовательным и сознательным атеистом он всё же не стал. Со времени вступления в брак с Ингер, дочерью пастора Бломберга, его сознание как бы раздвоилось. Внешне все чаще проявлялись в нём черты, свойственные Сидениусам. Он начинает даже цепляться за веру, как за якорь спасения и источник «духовного возрождения», наивно считая, что величие человека заключено в страдании. Гораздо более сложным — и это очень важно — был процесс его внутренней эволюции. До конца жизни в нём сохранится протест против религиозных догм. Он не останавливается и перед открытым признанием своего безбожия, понимая, что это грозит ему разрывом с женой и утратой семьи. Показательно, что завещание Пера было составлено в пользу «свободной от религии школы Якобы Саломон».