Ценность даже выдающихся научных достижений отдельных ученых нередко осознается полностью, когда самого ученого уже нет в этой жизни. Посмертное признание — самое яркое свидетельство подлинно весомого вклада в науку. Во многом это относится к В. В. Юнкеру. За рамками его географических открытий, большое значение которых было признано еще при жизни путешественника и отмечено после его смерти во всех некрологах, оказались и другие научные достижения, их выдающееся значение было оценено много позже.
Речь идет в первую очередь о вкладе В. В. Юнкера в изучение языков народов Экваториальной Африки. Член-корреспондент РАН Д. А. Ольдерогге (1903–1987), историк, этнограф, но прежде всего всемирно признанный корифей африканской лингвистики, считал, что вклад В. В. Юнкера в изучение самобытных африканских языков и даже их диалектов — огромен. В свою книгу о путешествиях в Африку Юнкер включил составленные им словарные записи по языкам многих групп населения внутренних областей континента.
Особенно ценны его лингвистические наблюдения во время второго центральноафриканского путешествия. Тогда из-за возникавших при передвижении затруднений у путешественника невольно появлялось свободное время. Оно позволяло Юнкеру заняться, в частности, составлением словарей местных языков (а-занде, а-барамбе, а-мади и др.). Самые значительные словари насчитывали до 1000 слов, меньшие — по 400–500 слов, систематизированных по разработанным самим Юнкером принципам. Словари включали самоназвания племен, местные названия крупнейших природных объектов (реки, озера, горы и т. п.), диких и окультуренных растений, животных и т. д.
Для своих лингвистических материалов В. В. Юнкер даже создал особый алфавит, основанный на буквах латиницы (в немецком произношении), но с прибавлением русских букв (ж, з, ы и др.) для непередаваемых латиницей звуков. Д. А. Ольдерогге подчеркивал, что до публикации лингвистических материалов Юнкера мировая наука вообще ничего не знала о языках целых групп многочисленных народов Экваториальной Африки. Поэтому Юнкер стал фактически основоположником изучения языков народов северной части Конго и юго-восточной части Судана. По некоторым из этих языков, писал Д. А. Ольдерогге, материалы Юнкера и сто лет после него остаются единственным реальным источником для лингвистической науки.
С неменьшим основанием и даже еще подробнее можно было бы говорить и о значении этнографических исследований В. В. Юнкера. Например, составленная им более 120 лет тому назад карта этнических территорий малых народов там, где проходили его маршруты, остается в основном точной и поныне. Этнографическая коллекция, собранная Юнкером, подробнейшим образом описана. Ей посвящен том в серии сборников Музея антропологии и этнографии, вышедший в 1953 г.