В ходе войны морская авиация получила 368 Як-1 и 131 Як-3. Североморский флот по состоянию на 18 февраля 1942 года располагал девятью Яками-1, в том числе пятью боеспособными. К 1 апреля 1943 года число самолетов сократилось до шести (два боеспособных). К 1 июля того же года Североморский флот располагал уже 32 истребителями (29 боеспособных). Позднее начали поступать Яки-9 и 3. К 1 июля 1944 года Североморский Флот располагал 20 Яками-9 и 14 Яками-3, а 1 января 1945 года Североморский Флот имел уже 62 боеспособных Яка-3, еще семь машин находилось в ремонте.
Более скромными были силы Черноморского Флота. 22 июля 1942 года в составе 62-й АБ было 16 боеспособных Як-1 и четыре машины находилось в ремонте. К 22 декабря 1942 года число боеспособных и ремонтируемых машин составило 29 и 9, соответственно.
Авиация Балтийского Флота на 15 мая 1942 года располагала следующим числом самолетов: 3-й ГИАП — 22 боеспособных и 6 в ремонте (ЛаГГ-3, МиГ-3, Пе-2 и Як-1), 21-й ИАП — 22 Як-1, в том числе 7 в ремонте.
1 января 1943 года в 12-й ОРАЭ (отдельная разведывательная эскадрилья) было семь Пе-2 и Як-1, в том числе один самолет в ремонте.
1 июля 194Згода на Балтике действовало только 12 Як-1 и 29 Як-7.21-й ИАП располагал девятью Як-7 (один в ремонте) и двумя Як-1. 3-й ГИАП имел девять (один в ремонте) Як-1 и один Як-7. В 13-м ИАП было шесть Як-7. 15-й ОРАП располагал двумя Як-7. 13-й ОКорАО (Отдельный корректировочный авиаотряд) имел два Як-7. Один Як-1 имелся в составе 7-го ОЗвПВО (отдельного звена противовоздушной обороны).
1 января 1944 года Балтийский Флот располагал 13 Як-1, 15 Як-7 и 54 Як-9. 21-й ИАП — 34 (7) Як-9; 12-й ИАП — 28 (3) Як-7; 13-й ИАП — 12 Як-1, 16 Як-7 и 10 Як-9 (все в ремонте); 43-я РАЗ (в составе 15-го РАП) -10 (4) Як-9; 11-й ИАП — 7 (2) Як-7; отряд буксирования воздушных целей — один Як-1.
19 июля 1944 года Балтийский Флот имел 37 Як-1 и Як-7, а также 122 Як-9. Самолеты Як-1 имелись в 12-м ИАП-37 Як-1 и-7.
1 января 1945 года Балтийский Флот располагал 8 Як-1, 2 Як-3, 8 Як-7 и 132 Як-9. Все восемь Як-1 идваЯк-3 находились в составе 12-го ИАП.
Большинство собранных Як-1 находилось в глубине территории в составе частей ПВО. Летчики ПВО были лучше подготовлены, кроме того, эти части рассматривались в виде резерва. К началу войны московская система ПВО располагала 95 Яками-1, которые находились на вооружении 11-го, 12-го, 24-го, 35-го и 262-го ИАП. Яки-1 составляли заметную долю авиапарка и в ходе советского контрнаступления под Москвой. 16 августа, после формирования Калининского фронта, фронт располагал 35 Яками-1, 30 МиГами-3 и только 9 И-16. В данных на 1 ноября и 1 декабря 1941 года Яки отсутствуют, а 1 января 1942 года снова появляются 14 Як-1. Уровень потерь был довольно высок, в составе 6-й резервной авиагруппы (от трех до восьми полков) имелся лишь один исправный Як-1. Благодаря надежности и легкости в обслуживании Яки-1 из 172-го ИАП за короткий зимний день совершали по 5–6 боевых вылетов, что в какой-то степени компенсировало их малочисленность. К концу советского контрнаступления под Москвой в составе Западного Фронта действовало четыре ИАП, оснащенных Яками-1: 236-й, 66-й, 188-й и 20-й. Калининский Фронт также располагал четырьмя полками Як-1: 163-м, 518-м, 521-м и 237-м.