1. Контрразведка в Красной Армии.
2. Борьба против вражеской разведслужбы внутри страны.
3. Борьба с пораженческими настроениями в Красной Армии.
4. Наблюдение за всеми служащими Красной Армии как в служебном, так и в политическом отношении.
В случае войны особый отдел брал на себя функции наступательного шпионажа по засылке диверсионных групп в тыл противника.
Особые отделы НКВД были распущены приказом наркома внутренних дел и наркома госбезопасности от 12 февраля 1941 г. Эта ликвидация связана, возможно, с последовавшим 3 февраля 1941 г. разделением НКВД на Народный комиссариат внутренних дел (НКВД) и Народный комиссариат государственной безопасности (НКГБ).
Как известно, руководство Народным комиссариатом внутренних дел в свое время принял Берия, а руководство Народным комиссариатом госбезопасности — Меркулов.
Приведенным приказом от 12 февраля 1941 г., которым был распущен Особый отдел НКВД, при НКВД был одновременно создан третий отдел, которому подчинено контрразведывательное обеспечение пограничных и внутренних войск. Вместо особого отдела НКВД при Народном комиссариате обороны (НКО) создано 3-е Управление, на которое возложены следующие задачи:
1. Борьба с контрреволюцией, шпионажем и саботажем, меры по сохранению военной тайны и т. п.
2. Выявление недостатков в армии и их устранение (борьба с коррупцией).
Руководителем 3-го Управления НКО назначен майор госбезопасности Михеев. Он подчинен непосредственно наркому обороны Тимошенко, получает распоряжения непосредственно от него.
3-му Управлению НКО в военных округах, армиях и армейских корпусах подчинены третьи отделы. При дивизиях, бригадах и т. д. созданы 3-и подотделы. При полках, самостоятельных частях и ведомствах Красной Армии были назначены уполномоченные 3-го Управления, отдела и подотдела. Руководителями 3-х отделов при военных округах являются члены Советов при народных комиссарах госбезопасности. Из этого обстоятельства также усматривается тесная связь между НКО и НКГБ. Свидетельством этой связи является также то, что НКГБ играет руководящую роль в проверке агентов и доверенных лиц. Так, например, вербовка иностранных агентов может производиться только с согласия наркома обороны, после того как руководитель 3-го Управления по договоренности с НКГБ предложит [кандидатуру] соответствующего лица. Дальнейшим доказательством тесного взаимодействия между 3-ми Управлениями НКО и НКГБ следует считать размещение арестованных в тюрьмах НКГБ. Наконец, следует принять во внимание, что 3-е Управление состоит из служащих командного корпуса Красной Армии и служащих НКГБ. Во время войны 3-му Управлению НКО придается особое значение. Деятельность подчиненных ему агентов распространяется на: