Как только гетманская власть была свергнута, принимавшие участие в ее свержении повстанческие отряды становились на сторону советской власти. Так поступили атаманы Григорьев — в Херсонщине; Зеленый — под Киевом; Махно — в районе Екатеринослава. С Директорией они не считались и провозглашали советскую власть (точнее — свою). Территория Директории таяла не по дням, а по часам, и к середине января большая часть Украины уже была вне ее власти. Одни районы были во власти большевиков и повстанческих украинских частей, сформированных большевиками на своей территории, другие — под властью сочувствующих большевикам «атаманов».
Понимая, что ей одной долго продержаться не удастся, так как народ в большинстве против нее, Директория искала союзников или в лице большевиков, или Антанты. Формальный лидер Директории Винниченко был за мир с Советской Россией, к такому же решению склонялось немало других украинцев. Тем более что деятели Директории фактически принимали всю программу большевиков, но с условием, чтобы власть осталась в руках у них, а не перешла к их конкурентам — украинцам из Харьковского правительства. Проще говоря, забота Директории была о том, как бы удержать власть, а вовсе не о том, как бы принести пользу своему народу, о чем они много и часто говорили. Однако у большевиков были свои лидеры, которые вовсе не горели желанием уступать власть, тем более что их поддерживали широкие массы простых крестьян и пролетариев. Поэтому коммунистические отряды двинулись на Киев.
Директория назвала эти действия войной с Советской Россией, на что Москва отвечала, что войну ведет не она, а независимое Украинское советское правительство. И действительно, большая часть красноармейцев была уроженцами Малороссии, так что все вопли об агрессии москалей были беспочвенными. Просто социальные, общероссийские лозунги большевиков оказались сильнее национально-шовинистических лозунгов Рады и Директории, и за ними пошел народ.
Второго февраля 1919 года Директория бежала из столицы. Население города провожало их и уходивших вместе с ними Сечевых стрельцов насмешками и руганью. Бегством Директории из Киева закончился ее 45-дневный «киевский период», и начался длинный период «пребывания на колесах», который завершился покаянием перед большевиками и переходом к ним на службу одной части деятелей времен Директории и уходом в эмиграцию другой ее части. Оставив Киев, Директория на некоторое время задержалась в Виннице. Положение было исключительно тяжелое. Ни армии, ни сочувствия народа у Директории не было. В Галиции шла борьба галичан с Польшей, и рассчитывать на помощь оттуда больше не приходилось. Этот период совпал с волной страшных еврейских погромов, прокатившихся по всей территории, находившейся под властью Директории. В 180 населенных пунктах на территории Украины петлюровцы вырезали около 25 000 евреев.