Переводы с судна на судно и из дивизии в дивизию стали осуществляться только по уважительным причинам и не иначе как с личного разрешения Императора. Вот что пишет Веселаго: «Если замечалось малейшее небрежение или медлительность исполнения, заставляющие подозревать холодность к делу офицеров, их придавали к строгим взысканиям без различия чинов и званий. Так, например, заслуженный и знаменитый адмирал Ф.Ф. Ушаков получил лично от Павла I строгий выговор за неимение вовремя порядочных сигналов и предписанных уставом предосторожностей. Начальник Черноморского флота адмирал С. Мордвинов за случившийся на Глубокой пристани взрыв бомбового погреба был снят с должности. Все неисправности, замеченные Павлом I при посещении Морского госпиталя в Кронштадте, приказано было привести в порядок на счет членов Адмиралтейств-коллегий, в обязанность которых входил надзор за госпиталями. За удержание нижних чинов на работе в своих собственных домах и мызах 6 флагманов и 18 капитанов получили строгий выговор. За столкновение судов командиры отдавались под военный суд и до исполнения приговора назначались к исполнению должности подвахтенных офицеров на тех судах, на которых служили, и т.п. С особенной строгостью следили при Павле I за сохранением дисциплины, установленных служебных порядков и особенно формы одежды».
Разумеется, что активность офицеров, их желание служить и плавать во многом определялись общей ситуацией на флоте. Например, во время управления морских министров де Траверсе и Моллера в начале XIX века (времени существенного упадка флота) среди морского общества того времени небольшое число развитых и образованных офицеров «вполне понимало печальное состояние своей службы и горячо желало ее поднятия»; остальная же масса, как говорится, «плыла по течению» и, временно возмущаясь каким-нибудь особенно тяжелым явлением, вообще была даже довольна существовавшим спокойствием Благодушная снисходительность или, вернее, служебная беззаботность, спускавшаяся сверху вниз, с любовью усваивалась большинством служащих, входила в привычку и прочно прививалась к жизни, а тогдашняя жизнь в портах часто совершенно расходилась с требованиями службы.
Однако проблемы с дисциплиной все равно оставались, причем нарушителями ее в большой мере были сами начальники. Когда, к примеру, в январе 1828 года император Николай I внезапно отправился на Охтенскую верфь, то ни на одном из пяти строящихся судов он не обнаружил ни одного из уже назначенных командиров. Перепуганный морской министр адмирал Моллер пытался выкрутиться, объясняя, что во время «высочайшего присутствия» командиры где-то просто обедали. Николай таких объяснений не принял. Дело в том, что императора взбесило не только одновременное отсутствие всех капитанов, но и то, что они в рабочее время «обедали», то есть, попросту говоря, где-то сообща выпивали. Скорый на расправу Николай тут же начертал ответ сердобольному министру: «Объявить господам командирам всех строящихся судов, если один или два по крайней нужде могут отлучиться, но чтоб вдруг все пять не были на своем мосте, того я не могу дозволить. И потому так, как обедать могли и после рабочего времени, то обедавших посадить на трое суток на гауптвахту, объявив приказом по флоту от вашего имени».