Отец Котовского получал 50 рублей жалованья в месяц. У него был собственный дом с виноградником, садом и огородом. Но в 1889 году семью постигло несчастье. Родив пятого ребенка — дочь Марию, скончалась от послеродовой горячки Акулина Романовна. Иван Николаевич тяжело переживал смерть любимой жены.
Отец нередко брал Гришу на завод. Мальчику там нравилось. Гриша любил бывать в машинном отделении, слушать гул машин.
Как и большинство мальчишек, Гриша часто лазил по крышам и чердакам. Когда ему было семь лет, он однажды сорвался с крыши. Его принесли домой без чувств. После этого случая Гриша стал заикаться. Уже в зрелом возрасте он преодолел заикание, но оно возвращалось, когда Григорий Иванович сильно волновался.
Гриша любил музыку и сам на трубе подбирал любимые мелодии.
В Ганчештах Григорий окончил народное двухклассное училище, где не отличался ни образцовой успеваемостью, ни примерным поведением. Будучи с детства очень сильным, он нередко поколачивал сверстников.
В 1895 году отец Григория Котовского умер от туберкулеза легких. Пятеро детей стали сиротами. Но о них позаботился крестный Котовского князь Григорий Мирзоян Манук-бей. Он был внуком известного армянского дипломата Манук-бея Мирзояна, в доме которого в Бухаресте 11 июля 1812 года был подписан Бухарестский мир между Россией и Турцией, отдававший Бессарабию во владение Российской империи. Тогда еще, заметим, Манук-бей состоял не на русской, а на турецкой службе, будучи великим драгоманом Порты (представителем всего православного населения Оттоманской империи перед султаном) и министром финансов. За успехи в сфере государственных финансов Манук Мирзоян в 1808 году получил от султана титулы бея и молдавского князя. Он был одним из богатейших людей империи и построил себе в Бухаресте великолепный дворец, в котором и происходило подписание Бухарестского мира. Но сразу после этого был не без оснований обвинен султаном в том, что за крупную взятку способствовал заключению мира на выгодных для России условиях. Доказательством справедливости турецких подозрений является послание Александра I Манук-бею: «Господин Манук-бей! Многократные доказательства вашей преданности России и большие усердия в службе в интересах империи нашей, о чем не замедлили главнокомандующие моей армией на берегах Дуная обратить наше особое к вам внимание. В воздании ваших заслуг и в знак моей благосклонности к вам всемилостивейше жалую вас кавалером ордена Святого Владимира третьей степени, коего знак сего к вам доставляя». Неудивительно, что Манук-бей предпочел остаться в Бессарабии, бросив роскошный дворец в Бухаресте, и перейти в российское подданство.