Как стало известно «The New Times», еще в марте 2006 года в департаменте Центрального банка России, ответственном за банковское лицензирование и до сентября 2006 года возглавляемом зампредом Андреем Козловым, был подготовлен аналитический документ о возможном отмывании средств через иностранные банки целым рядом российских коммерческих организаций, а также физическими лицами. Информация, озвученная в докладе, была взята на проверку Департаментом экономической безопасности МВД. Уже в июле 2006 года Андрей Козлов в узких кругах говорил о трех иностранных компаниях, через которые идет основной «отмывочный» поток за границу. К концу августа общая схема потока денег через банк «ДИСКОНТ» и три иностранных офшора со счетами в австрийском «Райффайзене» была установлена, и 31 августа зампред ЦБ лично настоял на отзыве лицензии у банка «ДИСКОНТ». Спустя восемь дней по итогам проверки Департамента экономической безопасности МВД и при непосредственном содействии Козлова было возбуждено уголовное дело № 248089 в отношении неустановленных лиц из числа сотрудников банка «ДИСКОНТ». Еще через пять дней, 13 сентября 2006 года, на зампреда Центрального банка было совершено покушение, когда он выходил из спорткомплекса на улице Олений Вал в Москве. Его водитель скончался от полученных ранений на месте, а сам Козлов умер на следующее утро в больнице.
Уголовное дело, возбужденное по факту убийства Андрея Козлова, было передано в управление по расследованию особо важных дел Генпрокуратуры РФ. Вскоре представители ведомства официально заявили, что у следствия нет никаких сомнений в том, что «убийство замглавы Центробанка связано с его профессиональной деятельностью». Уже в октябре 2006 года было объявлено о задержании исполнителей убийства — трех граждан Украины, приехавших в Москву из Луганска. Чуть позже, в ноябре, были задержаны посредники в организации покушения. В начале декабря 2006 года генпрокурор Юрий Чайка заявил на пресс-конференции в Москве: «Можно говорить о том, что уголовное дело раскрыто». Спустя месяц, 11 января 2007 года, в Москве был задержан главный подозреваемый в организации убийства — банкир Алексей Френкель. Однако собеседники «The New Times» в МВД, в Госдуме и в банковском сообществе убеждены, что «Френкель никакого отношения к убийству не имеет; задержан он был по одной-единственной причине — он довольно подробно знал схему отмывания «черных» денег, как и вообще многие в банковском секторе, но при этом не отличался особой молчаливостью». Из источников «The New Times», близких к Генпрокуратуре, стало известно, что банк «ДИСКОНТ» в деле об убийстве Андрея Козлова не фигурировал ни на одном из этапов. Никаких заявлений о возможной связи возбужденного 8 сентября при непосредственном сотрудничестве зампреда Центробанка и ДЭБ МВД уголовного дела №248089 и убийства, совершенного спустя пять дней после возбуждения дела, озвучено не было.