В связи с большой востребованностью базы работы в Тартусе ускорили. Вспомогательное судно Черноморского флота КИЛ-158 с помощью водолазов подняли несколько многотонных якорей, удерживающих плавпричал, заменили оборванные цепи на новые и вновь закрепили причалы. Были также восстановлены бетонные покрытия, проведены сварочные и покрасочные работы. Экипаж КИЛ-158 также оказал помощь сотрудникам морской инженерной службы порта в прокладке подводного трубопровода для подачи пресной воды. Вместо пришедшего в негодность и затопленного в 1998 г. плавпричала в 2009 г. были доставлены с Черного моря две новые секции. В июле 2009 г. спасательный буксир «Шахтер» отбуксировал железобетонную секцию плавпричала в Тартус, также в июле другую секцию причала довел до Тартуса СБ-5.
Как показывает практика, ПМТО крайне необходима флоту России и не простаивает без дела. В октябре 2009 г. в Тартусе помимо целого ряда вспомогательных судов флота одновременно находились 4 российских БДК — «Азов», «Ямал», «Новочеркасск» и «Цезарь Куников». В конце 2009 г. в порт заходил балтийский СКР «Неустрашимый», следовавший на боевую службу в Аденский залив. В апреле 2010 г. для пополнения запасов в ПМТО заходил тяжелый атомный ракетный крейсер «Петр Великий».
В августе 2010 г. главнокомандующий ВМФ РФ адмирал B.C. Высоцкий сообщил РИА «Новости» что пункт базирования кораблей Военно-морского флота РФ в порту Тартус сможет после 2012 г. принимать тяжелые корабли, в том числе крейсеры, и даже авианосцы. «Тартус будет развиваться сначала как пункт базирования, а затем и как база флота. Первый этап развития и модернизации завершится в 2012 году», — сказал Высоцкий.
В августе 2010 г. во время своей инспекционной поездки на базу Тартус при загадочных обстоятельствах исчез, а затем был убит заместитель начальника ГРУ генерал-майор Юрий Иванов. Его тело обнаружили 16 августа 2010 г. выброшенным морем на берег на побережье Средиземного моря в турецкой провинции Хатай, которая граничит с Сирией.
Любопытно, что в декабре 2011 г. Тартус посетили два российских корабля. В начале января 2012 г. к Тартусу подошла эскадра российских кораблей. Непосредственно в порт зашли БПК «Адмирал Чабаненко», СКР «Ладный» и танкер «Лена». На внешнем рейде остались авианосный крейсер «Адмирал Кузнецов», морской буксир «Александр Чикин» и два танкера.
С 18 по 20 февраля 2012 г. с визитом в Тартус прибыли два иранских корабля — эсминец «Шахид Канди» и корабль обеспечения «Харг».
В начале XXI века в Тартусе постоянно находится одна плавмастерская Черноморского флота.