Формирование ВМБ возлагалось на капитана 1-го ранга Н.В. Антонова, которого позже назначили ее командиром. Личный состав базы формировался большей частью из военнослужащих, направлявшихся на формирование Рижского морского оборонительного района, а также из расформированной Онежской военной флотилии и из других частей Балтийского флота.
Командующий Балтийским флотом адмирал В.Ф. Трибуц 15 сентября предложил начальнику ГМШ: «В Порккалауддском районе создать сектор береговой обороны в составе двух артиллерийских дивизионов: а) финские батареи, которые должны быть переданы флоту (предположительно, 305-мм, 203-мм, две 152-мм); б) дополнительно выделяемые от береговой обороны флота пять батарей — трехорудийная 130-мм, трехорудийная 127-мм и три четырехорудийный 45-мм противокатерной обороны. Корабельный состав специально не намечать (будет выделяться из состава Таллинского морского оборонительного района, в состав которого включить сектор береговой обороны Порккала-Удда). Для сухопутной и противодесантной обороны района Порккалаудда необходимо получить две стрелковые дивизии. Для непосредственной обороны островов, где будут находиться батареи береговой обороны, иметь два отдельных пулеметно-артиллерийских батальона, которыми флот не располагает»[7].
20 сентября Трибуц приказал командующему Ладожской военной флотилии «11-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион и другие части противовоздушной обороны с огневых позиций снять и погрузить для транспортировки и передачи в военно-морскую базу Порккалаудда»[8].
Нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов 20 сентября приказал:
«На территории Порккала-Удд развернуть военно-морскую базу в следующем составе: отряд бронекатеров (пять катеров), два дивизиона малых охотников БМО, МО и сторожевых катеров типа КМ (25 катеров), дивизион тральщиков (девять тральщиков), два дивизиона катеров-тральщиков (19 катеров), кроме того, тралбаржи и их буксировщики, отряд транспортов (пять транспортов), сектор береговой обороны (дивизион железнодорожной артиллерии — четыре трехорудийные батареи 180—305-мм, дивизион стационарной артиллерии в составе батарей: трехорудийной 130-мм, одной трехорудийной 127-мм, четырех четырехорудийных 45-мм), бригада противовоздушной обороны в составе пяти зенитных артиллерийских дивизионов (76 стволов калибром 85—25 мм).
Если финская береговая артиллерия района Порккала-Удда окажется исправной, то ее укомплектовать личным составом флота»[9].
26 сентября в Порккала-Удд через Хельсинки самолетом ПС-84 двумя рейсами была доставлена опергруппа ВМБ Порккала-Удд (33 человека) во главе с комендантом сектора Береговой обороны ВМБ полковником Терещенко. Опергруппа должна была заняться предварительной рекогносцировкой района базы, составлением на месте предварительной схемы дислокации соединений и частей, а также обеспечением встречи соединений и частей, прибывавших в Порккала-Удд.