С февраля 1985 г. и до оставления базы боевые группы ПДСС ОВР ЧФ, сменяя друг друга каждые 9—10 месяцев, вели противодиверсионное обеспечение ПМТО. А для защиты базы от флота сепаратистов с июня 1988 г. и до ухода в феврале 1991 г. на острове Нокра постоянно базировался один артиллерийский катер.
933-й ПМТО регулярно посещали советские атомные подводные лодки. Так, в 1980—1981 гг. там побывали АЛЛ К-175 и К-204 (пр. 675, вооруженные 8 крылатыми ракетами П-6), а осенью 1981 г. заходила АЛЛ пр. 670 К-43, вооруженная 8 ракетами «Аметист». В 1982 г. заходили К-204 (пр. 675) и К-247 (пр. 671РТМ). В 1984 г. заходили К-325 (пр. 675), а в сентябре 1985 г. — К-105 (пр. 675). Все эти подводных лодки находились в составе Тихоокеанского флота.
Но с февраля 1979 г. по 1981 г. в 933-й ПМТО заходили и лодки Северного флота. Так, осенью 1980 г. там на АЛЛ пр. 671 К-369 проводились ремонтные работы после того, как подлодка в надводном положении своими выдвижными устройствами ударила под надстройку танкера «Ахтуба» (бывший «Пекин») Северного флота. В 1981 г. К-513 пр. 671РТ Северного флота во время шестимесячной боевой службы в районе Красного моря через три месяца после начала похода в пункте базирования на острове Дахлак произвела замену экипажей. Экипаж под командованием капитана 1-го ранга В.А. Масалова вернулся в СССР на борту БДК «Иван Рогов».
При обслуживании атомных подводных лодок произошло несколько инцидентов, которые усложняли работу базы. Так, в 1981—1982 гг. при очередной швартовке атомной подводной лодки затонул прямо посредине бухты буксир РБ-95. Лодка дала ход и потянула за швартовые концы корму буксира, корма ушла под воду и соответственно буксир тоже, экипаж успел прыгнуть за борт. Через сутки при помощи тросов и якорей БДК буксир подняли до уровня поверхности воды и завели на стапель плавдока. Весь экипаж 15 дней чистил, разбирал и собирал все узлы буксира.
29 сентября 1985 г. произошла другая авария. На атомной подлодке К-175 при проведении ППО и ППР в пункте маневренного базирования из-за неправильных действий личного состава произошла разгерметизация активных зон реакторов, что привело к резкому ухудшению радиационной обстановки в реакторном отсеке. Была сброшена аварийная защита обоих реакторов. Обеспечение К-175 электроэнергией производилось от дизельгенератора и судов обеспечения. В результате аварии пострадали 137 человек. Контроль в районе аварии проводили еще несколько лет, при этом не раскрывая факта аварии. Старшина радиохимиков плавбазы «Иван Колышкин» Циганий Алексей Иванович, участвовавший в этом в мае 1988 г. и марте 1989 г., вспоминал: «Мы как радиохимики отобрали порядка 10 проб земли, растений, воды. И когда провели обследование, то обнаружили слабые следы радиоизотопов йода и стронция, характерные для атомного реактора, потому что искали мы совсем другое, об аварии на тот момент мы не знали и когда брали пробы, нам сказали что, возможно, французы в войне в Чаде использовали тактические ядерные заряды, и следы их использования мы искали. Такие же исследования мы провели в марте, когда шли обратно»