11 октября 1799 г. Павел приказал Суворову возвращаться с войсками в Россию. А 8 октября был подписан высочайший указ Ушакову, в котором говорилось: «Когда из открывающихся в Италии обстоятельств усмотрите, что помощь флота уже более там не нужна, в таком случае, буде Мальте еще не будет взята от французов и скорой оной сдачи не предвидится, то забрать туда назначенной гарнизон под командою генерал-майора Волконского, равно и назначенной для охранительной гвардии королю неаполитанскому генерал-майора Бороздина, возвращаться к своим портам, дебаркируя означенные войска в Одессе».
7 января 1800 г. эскадра Ушакова в составе семи кораблей, одного фрегата и одного авизо прибыла в Корфу. Вице-адмиралу Павлу Васильевичу Пустошину, блокировавшему Геную, капитану 2-го ранга Сорокину, находившемуся с тремя фрегатами в Неаполе, и капитану 2-го ранга Войновичу, блокировавшему Анкону, были отправлены приказания Ушакова о возвращении в Корфу.
Помимо всего прочего петербургские и севастопольские адмиралы перестали снабжать эскадру Ушакова продовольствием. Так что не столько указы Павла, сколько сильный голод на русских кораблях заставили Федора Федоровича покинуть Средиземное море. Хотя сам он по-прежнему считал необходимым оставить Корфу за Россией.
Перед уводом эскадры на родину Ушаков написал инструкцию начальнику русского гарнизона на острове Корфу подполковнику Гастферу, согласно которой Гастфер оперативно был подчинен русскому послу в Константинополе Томаре. Отношения же с российским генеральным консулом Бенаки не определены: «…сноситься обо всем и советоваться». Кормить русский гарнизон численностью в 150 человек и снабжать всем необходимым обязаны местные власти. «Ни в какие разбирательства гражданских дел входить не должно, ибо оное следует правительству островов»[52].
Исключения допускались лишь в случае вооруженного мятежа против властей. Наряду с русским в Корфу оставался и равный ему по численности турецкий гарнизон.
Однако к 16 октября 1799 г. турки забрали свой гарнизон на корабли и, дождавшись попутного ветра, уплыли восвояси.
Для поддержки короля Фердинанда в Неаполь Ушаковым была послана эскадра из трех фрегатов: «Михаил», «Григорий Великия Армении» и «Св. Николай». Начальником эскадры назначался командир «Михаила» капитан 1-го ранга А.А. Сорокин. В письме Сорокину Ушаков писал: «Состоящие в команде вашей три фрегата… и войска морские с ескадр, в причислении на оных фрегатах состоящие, также и находящихся военных служителей трех гренадерских баталионов князя Волконского при обозе в Неаполе оставить там, которые и могут быть вспоможением при Неаполе в потребных военных надобностях для содержания при оном месте тишины и спокойствия»