Активные боевые действия немецко-румынских войск (немецкой 11-й, румынских 3-й и 4-й армий) начались 2 июля, поэтому войскам Южного фронта удалось вступить в сражения начального периода войны более организованно, чем на других фронтах. Ход военных действий на Южном фронте в значительной степени определялся развитием событий на соседнем Юго-Западном фронте.
Глубокие прорывы противника в его полосе вынуждали командование Южного фронта держать на правом крыле половину сил: 17-й и 55-й стрелковые, 16-й и 18-й механизированные корпуса, 3 отдельные стрелковые дивизии и противотанковую бригаду
Боевые действия на Черном море: 23-25 июня авиация Черноморского флота 140 бомбардировщиков нанесла бомбовые удары по румынским городам Сулина и Констанца; 26 июня по Констанце был нанесён удар кораблей Черноморского флота совместно с авиацией; 24 июня высадка десанта Дунайской флотилией в Килии-нова (Румыния)
К 1 июля 1941 г в составе пароходств Черного моря осталось 66 грузовых судов, 22 грузопассажирских и 15 танкеров общей грузоподъемностью 335 тыс. т, 33 ледокольных и буксирных судна, а также 80 мелких плавсредств и барж. Этими силами они в первых числах июля начали участие в обороне приморских районов и в перевозках воинских, эвакуационных и народнохозяйственных грузов. Потоки эвакуационных грузов направлялись прежде всего в Одессу, а также в некоторые города восточной части Черноморско-Азовского бассейна. Грузопотоки тогда шли по трем основным направлениям: Одесса - Херсон - Николаев, Одесса - Мариуполь, Одесса - Новороссийск.
Вторая фаза. Наступление немецких войск по всему фронту (10 июля - август 1941 года)
Начальник штаба группы армий "Центр" 17 июля докладывал: "Положение с горючим в танковых группах, особенно в 3-й танковой группе, настолько серьезно, что в настоящее время больше не представляется возможным делать большие переходы"
Южное направление
В Молдавии попытка командования Южного фронта остановить румынское наступление контратакой двух механизированных корпусов (770 танков) не увенчалась успехом. 16 июля 4-я румынская армия взяла Кишинёв, а в начале августа оттеснила Отдельную Приморскую армию к Одессе.
В середине июля с Днепровского речного флота для усиления перевозок, нефти перевели на Дон 25 наливных барж с буксирами
22 июля вражеская авиация предприняла первую массированную бомбардировку Одессы. Воздушные налеты продолжались почти беспрерывно в течение четырех суток.
Полагая, что главный удар противник наносит на Киев, стремясь оказать помощь его защитникам, советское Верховное Командование приказало Южному фронту организовать контрудар во фланг группировке противника, действовавшей на киевском направлении силами 6-й и 12-й армии. Однако в срочной помощи нуждались в первую очередь сами атакующие армии, тем временем в конце июля немецкие войска развернули наступление на белоцерковском направлении. 2 августа они отрезали от Днепра обе армии, и окружили их под Уманью; в плену оказалось 103 тыс. человек, в том числе оба командарма. Южный водный путь снабжения на Киев и возможность отхода Днепровской флотилии на Юг исчезла.