В августе 1503 года в возрасте 73 лет Александр VI скончался, но не от яда, как, конечно же, сразу все предположили, а от римской летней лихорадки, что возможно в таком возрасте. Народное возбуждение вырвалось наружу — распространялись жуткие рассказы о черном распухшем трупе, о языке, высунувшемся изо рта вместе с выступившей пеной. Чудовище было таким страшным, что никто не мог к нему притронуться, и его будто бы потащили в могилу за веревку, привязанную к ногам. Уверяли, что умерший понтифик получил тиару, продав душу дьяволу. Любимые римлянами сатирические листки каждый день вешались на шею Пасквино, античной статуи, найденной в 1501 году при ремонте дороги. Статуя служила горожанам чем-то вроде витрины для анонимной сатиры.
Чезаре, при всей своей военной мощи, оказался неспособен справиться без поддержки Рима, где трон любящего отца унаследовал старый враг. Вокруг герцога тотчас выросли зубы дракона. Он приехал в Неаполь, находившийся под контролем испанцев, но те нарушили обещание не трогать герцога и заточили его в тюрьму. Через два года Чезаре удалось бежать, он добрался до Наварры и через год был убит в местной стычке.
Суждения современников о покойном Александре VI были очень резки, но церемониймейстер Бурхард не был ни противником, ни апологетом папы. Его невыразительный рассказ, описывающий правление Александра с бесконечным насилием, убийствами в церквях, телами в Тибре, борьбой группировок, с фривольностью и бесконечными приемами послов, светских князей и правителей, с вниманием к костюмам и драгоценностям, с протоколом процессий, развлечений и скачек, с кардиналами, выигрывающими призы, — вкупе с сухими цифрами доходов и трат, — дает полное представление о том времени.
Некоторые ревизионисты вдруг полюбили папу Борджиа и постарались его реабилитировать, отыскав замысловатые аргументы против выдвинутых обвинений. Они объявили их либо преувеличением, либо фальсификацией, либо досужими сплетнями. Эти оправдания меркнут перед одним фактом — перед теми ненавистью, отвращением и страхом, которые Александр VI внушал всем в момент своей смерти.
В исторических трудах о его понтификате говорится в терминах политических войн и маневров. О религии едва упоминается, за исключением редких ссылок на соблюдение Александром VI постов или на его старания с помощью цензуры книг поддержать чистоту католической доктрины. Возможно, приведенные ниже слова принадлежат Эгидию да Витербо, генералу августинского ордена и главной фигуре реформаторского движения. При папе Александре VI, сказал он в проповеди, «Рим знает: „Нет закона — нет и божества; миром правят золото, сила и Венера“».