Лютеране из ландскнехтов были в восторге, они ходили по улицам в богатых облачениях прелатов, в красных сутанах и шляпах кардиналов, а их предводитель, восседая на осле, изображал папу. Первая волна побоища продлилась восемь дней. Несколько недель Рим дымился, а собаки объедали непогребенные тела. Оккупация продлилась девять месяцев и нанесла непоправимый ущерб. По подсчетам, в Тибр было сброшено две тысячи тел, 9800 похоронили, выкупы составили в общей сложности от трех до четырех миллионов дукатов. Только когда пришла чума, пропала еда, и настал голод, пьяные орды покинули «зловонную скотобойню», в которую они превратили Рим.
Это событие уничтожило и авторитет духовенства. Вандалы, разграбившие город в 455 году, были чужеземцами, так называемыми варварами, но сейчас кровавую баню учинили братья-христиане. Похоже, они хотели осквернить князей церкви. Троя когда-то верила в священную завесу, которая их защитит. Рим рассчитывал на свой священный статус, но, когда пришел момент, оказалось, что статуса нет.
Никто не сомневался в том, что разграбление — Божья кара за грехи пап и иерархов, и мало кто верил, что винить за произошедшее нужно захватчиков. Последние с этим были согласны. Ужаснувшись случившемуся и опасаясь неудовольствия императора из-за «нападений на католическую веру и Апостольский трон», представитель имперской армии написал Карлу V: «По правде говоря, все убеждены в том, что все это случилось по воле Господа, прогневавшегося на тиранию и беспорядки папского двора». Более горестное мнение высказал генерал доминиканского ордена кардинал Каэтан, на Латеранском соборе выступавший от лица сторонников реформ и бывший папским легатом в Германии на суде над Лютером: «Мы, те, кто должен был стать солью земли, разложились, мы годны только на проведение церемониалов».
Климент VII чувствовал себя дважды униженным. Он вынужден был принять условия, навязанные ему победителями, и оставаться их пленником в замке Святого Ангела до тех пор, пока не найдет средства для своего выкупа. Услышав новость о его беспомощности, Флоренция немедленно изгнала властных представителей Медичи и восстановила республику. Скандал с заключенным в тюрьму папой заставил императора открыть двери замка Святого Ангела, и Климент VII под видом купца был препровожден в убогое убежище в Орвието, где он и оставался, все еще надеясь, что Франция придет и вернет баланс сил. На следующий год Франциск I и в самом деле явился с армией к Неаполю. Когда его снова побили и принудили отказаться от всех притязаний на Италию, папа вынужден был пойти на переговоры с Карлом V, ставшим теперь хозяином Италии. Трясясь от холода, ночуя на соломе, папа добрался до Болоньи и выторговал себе соглашение, какое смог, поскольку пространства для маневра у него было мало. Он должен был передать Карлу, как королю Испании, Неаполитанское королевство и короновать его как императора. В обмен Карл V обязался предоставить ему войска, которые вернули бы Медичи во Флоренцию. В одном случае понтифик своего добился: как папа он все еще Мог отказать церковному собору в реформе, которой добивался Карл. Возражение папы носило личный характер: Климент VII боялся, что кто-то прознает о том, что он незаконнорожденный, и тогда его лишат титула.