Только после убийства Сипягина Азеф сообщил в Департамент полиции, что Гершуни имеет отношение к Боевой Организации. Он знал, что Гершуни находился в Киеве, но полицейским говорил, что он где-то на юге. Ему был не выгоден арест Гершуни, на товариществе с которым держалось положение Азефа в партии. Подозрения, в случае ареста руководителя Боевой Организации, неизбежно пали бы на Азефа, который уже имел представление, какими денежными средствами располагает партия эсеров и ее Боевая Организация. В Департаменте полиции Азеф получал меньше, чем у Гершуни, и гордость имперской провокации берегла гордость имперской революции.
Гершуни поручил Азефу организовать в Швейцарии динамитную мастерскую и провокатор справился с заданием блестяще. Он докладывал Ратаеву: «Я занял активную роль в партии социалистов-революционеров и мое положение несколько опасно. Отступать теперь уже невыгодно для дела, но действовать тоже необходимо очень и очень осмотрительно». Азеф сообщил полицейскому начальству, что Гершуни организовывает за границей динамитную мастерскую, но не сказал, что дело поручено ему. Руководители МВД, Плеве, Лопухин и Зубатов предложили Азефу любым способом попасть в Боевую Организацию, в которой он уже исполнял одну из ведущих ролей. Гершуни практиковал «короткие револьверные удары». После выяснения маршрутов террористической цели, царского сановника, группа во главе с Гершуни совершала покушение, в котором обычно было много импровизации, и главный эсеровский боевик блестяще владел этим даром и Зубатов совершенно справедливо называл его «вдохновленным художником-террористом». Гершуни находился рядом с Балмашевым на Исаакиевской площади в момент покушения на Сипягина, на Невском проспекте во время покушения на Победоносцева, в уфимском городском саду во время убийства Богдановича, в харьковском саду «Тиволи» во время покушения на губернатора Оболенского.
Азеф доложил в Департамент полиции, что Боевой Организацией руководил Мельников, а Гершуни только собирал деньги и террористов для покушений. Азеф не доложил полиции, что именно ему Гершуни поручил собирать сведения об образе жизни имперского министра внутренних дел Вячеслава Плеве.
Зубатов без Азефа определил, что во главе Боевой Организации стоял Гершуни. Николай II объявил МВД, что озолотит того, кто арестует главного эсеровского боевика. Полицейские генералы приказали Азефу сдать Гершуни, но Азеф сказал, что сначала пусть его озолотят на 50 000 рублей. Департамент полиции хотел присвоить царские деньги себе, а агенту дать в лучшем случае процентов пять от всей суммы. Охранники и провокатор от жадности не договорились и Азеф доложил Гершуни, что за его голову Зимний дворец дает два имения с землей. В марте 1903 года в Москве встретились руководитель Боевой Организации и его помощник и Гершуни назначил Азефа своим преемником, передав ему все связи, пароли, конспиративные квартиры, боевиков и кассу. После московской встречи группа Гершуни выехала в Уфу и в начале мая убила там губернатора Богдановича. Гершуни написал и отправил в Центральный Комитет эсеров отчет о покушении для дальнейшей публикации: