Григория Гершуни судили в феврале 1904 года. На суде он держался так, что один из великих князей назвал его героем, а один из судей воскликнул: «Вот человек!» На процессе читали устав Боевой Организации, написанный ее первым руководителем: «Боевая Организация, устраняя путем террора представителей существующего строя, совершает не только акт самозащиты, но и действует наступательно, внося страх и дезорганизацию в правящие сферы, и стремится довести правительство до сознания невозможности сохранить далее самодержавный строй».
Гершуни приговорили к виселице, попытались добиться, чтобы он написал прощение о помиловании на высочайшее имя, не дождались и заменили казнь на бессрочную каторгу. Почти два года Гершуни продержали в Петропавловской и Шлиссельбургской крепостях, а затем перевели его в Сибирскую каторжную тюрьму на Акатуе, но он пробыл там меньше года и бежал в ноябре 1906 года через Японию в Америку и Европу.
Сидевший на Акатуе убийца Плеве Егор Сазонов писал оттуда на волю: «мне доставляет гордую радость видеть то уважение, которое окружает нашего дорогого Григория Андреевича. Все, если не видят, то чувствуют цену этого человека. Он как бы растет и развертывается на людях. Здесь он возвышается над ними на целую голову. Для нашего дела непоправимый, страшный убыток, что такая могучая политическая сила скована в данный момент».
Тюремщики на страшном Акатуе не трогали Гершуни и вообще, держались с ним как-то робко, почти как с начальством. Одна из знаменитых эсеровских террористок и будущий руководитель партии Мария Спиридонова писала о первом боевике первой массовой революционной партии:
«Первое впечатление от Григория Андреевича, это присутствие очень большой силы. Удивительны были его глаза, серо-синие, большой красоты и сияния. Глаза говорили с вами, утешали вас, ласкали, гневались. Из них хотелось жадно пить и голубизну, и бездонную, огромную, полную любви и мудрости душу человеческую. На общих собраниях он говорил мягко-убедительно, но голос его все креп и креп, звук рос и расширялся, глаза начинали буквально метать молнии и все взгляды приковывались к нему. Товарищам он стремился передать максимум своих знаний, опыта доброты.
У него были две неудачные попытки к побегу. Он ушел бы из тюрьмы вместе с другими товарищами на метеорологическую станцию за воротами. Там, в пустынном лесу произошла нападение на конвоира, которого бы связали и продержали бы в кустах, пока Григорий Андреевич не уехал бы на заранее приготовленных лошадях. Два разы выходил Григорий Андреевич, два раза товарищи опаздывали к назначенному времени. Григорий Андреевич даже сам искал друзей по лесу, втянув конвойного в интересную болтовню. Больше Григория Андреевич за ворота не пускали в связи с общим изменением режима.