Слухи о том, что крушение царского поезда это дело рук «Народной воли» опроверг возглавивший следствие обер-прокурор Уголовного кассационного департамента Правительствующего Сената Анатолий Кони. Он доказал, что виновником не первой кровавой железнодорожной катастрофы стало Министерство путей сообщений, набитое халатностью, хищениями и жаждой наживы любой ценой.
Это следствие не стало новостью для императора, хорошо знавшего, что его взорванный отец был как-то причастен к безобразному воровству у казны и плохому строительству железных дорог с их концессионными махинациями, хотя, кажется, и не знал высказывания военного министра Д. Милютина: «Остается только дивиться, как самодержавный повелитель восьмидесяти миллионной людей может до такой степени быть чуждым обыкновенным, самым элементарным началам честности и бескорыстия». Поезд Александра II уже сходил с рельс у Жмеринки, но все обошлось, и царь со свитой пешком пришел на станцию. На станции Бирзула Александра II вообще забыли и отправили поезд без самодержца. Император никого не наказал, говорят, по добродушию характера.
В ноябре А. Кони доложил Александру III о результатах следствия. Он сказал, что по царскому приказу состав был перегружен и шел слишком быстро с чрезвычайной нагрузкой на рельсы, что участок дороги Тарановка – Борки находился в аварийном состоянии, что при строительстве дороги украли все, кто мог, и все, что мог, что насыпь была из запрещенного шлака и что шпалы были гнилые. Кони не забыл сказать, что по распоряжению Его Императорского Величества были отключены тормоза, потому что царя раздражал тормозной звук. Прокурор нарисовал Александру III впечатляющую картину выдачи железнодорожных концессий, хищничества правления дороги, растления служебного персонала казнокрадством, попустительства министра путей сообщения. Царь спросил, кто виновен в крушении и Кони ответил: «Сплошное неисполнение всеми своего долга, из-за бюрократического устройства наших центральных управлений, стоящих очень далеко от действительной жизни».
Решение по делу, как обычно у царя, неформально принимал обер-прокурор Синода Константин Победоносцев. Несколько человек сменили чиновные кабинеты, министр путей сообщения стал членом Государственного совета с сохранением министерского оклада, кто-то получил выговоры. Александр III наложил резолюцию на доклад Победоносцева: «Как? Выговор – и только? И это все? И это все? Удивляюсь! Но пусть будет так». Царь и сам говорил, что «министр внутренних дел может быть, и понимает, что докладывает, но я его не понимаю; министр путей сообщения не сам не понимает, ни я его не понимаю». При предпоследнем царе все высшие государственные посты в империи заняли члены императорской семьи и чиновники-сановники, умевшие только приближенно прислуживать. Казнокрадство уже давно в монархии стало нормой – кто тронет родственников и друзей царя всея Руси? Революционное подполье регулярно и подробно в газетах и прокламациях рассказывала подданным о сиятельных мздоимцах. Время правления Александра III совершенно справедливо называли контрреформами. Царь восстановил предварительную цензуру, ввел сословные принципы в школах и вузах, отменил автономию университетов и ввел институт земских начальников. Александр III восстановил превосходство дворянства перед народом и не стеснялся сказать: «Конституция? Чтобы русский царь присягал каким-то скотам?» он лишил независимости земства, установил контроль над судопроизводством, увеличил русификацию присоединенных к империи западных белорусских, украинских и польских земель. Победоносцев готовил многие императорские решения и написал Александру III с 1881 по 1894 год почти четыреста писем с рекомендациями. Контрреформы власти отправили в оппозицию почти всю интеллигенцию империи, которой овладело неверие в наличии у самодержавия здравого смысла. Революционеры стали называть империю «тюрьмой народов». Александр III в трезвом уме и твердой памяти сам включил взрыватель колоссальной бомбы, которая вскоре подорвала всю династию вместе с империей, которая во главе с императорами на всех парах летела в кровавый 1917 год.