С 1 января 1898 года важнейшие дела Третьего делопроизводства были переданы в особый отдел. Он ведал внутренней и заграничной агентурой; вел негласное наблюдение за корреспонденцией частных лиц и членов императорской семьи и высших сановников государства, подозреваемых в нежелательных связях; наблюдал за политическим настроением во всех слоях общества, за деятельностью политических партий и всевозможных организаций, вел регистрацию произведений нелегальной печати, ведал политическим розыском.
У Особого, а затем Политического отдела было семь отделений. Первое занималось общими делами и перепиской. Второе ведало эсерами, Третье – большевиками и меньшевиками, Четвертое занималось буржуазными организациями национальных окраин России, Пятое разбирало шифры, Шестое занималось следствием, Седьмое выдавало справки о политической благонадежности.
В ведении Департамента полиции находилась особая агентура, гласная и негласная. Департамент имел особый денежный секретный фонд, не подлежащий государственному контролю.
С 1880 года Корпус жандармов перешел в ведении Департамента полиции МВД, хотя шефом корпуса стал лично министр внутренних дел. Во всех губерниях и краях империи существовали жандармские управления, руководившие политическим сыском в регионах, и ведение следствия по государственным преступлениям и политическим делам. В 1880 году большие жандармские дивизионы стояли в Петербурге, Москве, Варшаве, сто двадцать три команды располагались в крупнейших городах империи, жандармский полк и лейб-гвардии жандармский эскадрон находились в армии. Жандармы боролись с массовым рабочим и крестьянским движением, осуществляли сыск революционных организаций, сопровождали особо опасных арестантов, осуществляли внешнее оцепление, вели поимку беглых и рекрутов, собирали сведения и готовили царские доклады о настроениях различных сословий. В жандармерии и в полиции, и в охранных отделениях офицеры получали двойное жалование.
Охранные отделения были созданы в Петербурге в 1866, в Москве и Варшаве – в 1880 годах. К началу ХХ века существовали почти тридцать охранных отделений, местных органов Департамента полиции, ведавших политическим надзором и сыском. «Отделения охранения общественной безопасности и порядка» формально входили в состав канцелярии полицмейстеров и градоначальников, но в то же время сохраняли все права самостоятельного учреждения, подчиняясь Департаменту полиции. С начала ХХ века охранные отделения сосредоточились на розыске революционеров, которых для проведения следствия передавали жандармам. Их основной задачей являлся политический сыск революционных организаций и революционеров. Непосредственный арест и дознание по собранным охранными отделениями материалам осуществляли жандармские управления. Отделения имели обширную специальную агентуру – агентов наружного наблюдения, филеров и секретных агентов, сотрудников, сексотов в «обследуемой зоне».