Новый министр внутренних дел Плеве вызвал Зубатова из Москвы в Петербург и долго разговаривал со статским советником о его проектах по рабочей проблеме. Он признал их полезными для монархии и разрешил перенести на всю империю. Зубатов попросил Плеве добиться перевода фабричной инспекции из министерства финансов и министерство внутренних дел. Плеве не сразу назначил Зубатова начальником особого отдела Департамента полиции, а некоторое время присматривался к нему. Зубатов начал создавать рабочие союзы в Петербурге, Минске, Киеве, Одессе. Среди зубатовце в 1902 году появился молодой священник Георгий Гапон, который должен был организовывать рабочих в столице империи. После создания «Общества взаимопомощи рабочих механических мастерских» в Москве, Зубатов создал «Еврейскую независимую партию» в Минске, «Общество петербургских рабочих механического производства» в Петербурге, «Союз машиностроительных и механических рабочих» в Одессе. Зубатов писал о грядущей революции: «Решающая роль принадлежит серой неорганизованной массе, легко идущей на любой скандал и почти не способной к какому-то осмысленному ведению своего дела. Около нее стоит группа лиц, желающих узурпировать свою волю и настроение в своих партийных целях, и тут же рядом – представитель правительственной власти, благие начинания которого узурпаторы хотят парализовать соответствующим вызовом массы на какую-нибудь скандальную выходку. Только самое внимательное и самоотверженное отношение жандармской власти к делу, в состоянии привести всю путаницу отношений в порядок и свести их к мирному благоприятному концу. Работа очень трудная и кропотливая, но единственно продуктивная в наше время». Работа была действительно трудная, потому что Гужон победил рабочую забастовку на своей фабрике, набрав новых работников на своих условиях. Деньги промышленников, конечно, победили здравый смысл в империи. Капиталисты, как и обещали, купили интересы государства и самодержавия.
Плеве был известен империи как один из ликвидаторов «Народной воли». За двадцать лет после 1881 года революционное движение в монархии выросло в разы, и новый министр внутренних дел решил реорганизовать розыск в государстве. Он все-таки назначил руководителем Особого отдела Департамента полиции Сергея Зубатова, и статский советник был назначен фактическим главой политического сыска в империи. Зубатов реформировал всю полицейскую службу и в течение короткого времени почти в тридцати имперских городах создал охранные отделения, главные из которых возглавили его московские офицеры. Из ведения губернских жандармских управлений по царскому указу был изъят политический розыск революционеров и передан в охранку. Свой летучий филерский отряд Зубатов забрал в Петербург в Особый отдел и лучших из филеров назначил руководить службой наблюдения в охранные отделения. Были созданы эффективные полицейские органы, которые могли успешно бороться с нарастающим революционным движением. У них были деньги, квалифицированные сотрудники и свобода действий. Теоретически Зубатов все сделал правильно, но на практике все пошло совсем не так, как он хотел. Его возненавидели приближенные ко двору сановники, боявшиеся, что на фоне высокого профессионализма руководителя Особого отдела будет хорошо видна их никчемность и вред для империи. Охранные отделения встретили жесткое противодействие жандармских управлений: «ненависть и злоба не только начальников жандармских управлений, но и вообще офицеров корпуса жандармов к охранникам Департамента полиции дошла до ужасающих пределов. Сами сотрудники охранных отделений называли жандармов табуретной кавалерией. Впоследствии охранные пункты были созданы даже во многих уездных городах, но самому Зубатову дали проработать только год. Благодаря противодействию монархии зубатовщина, призванная не только задержать, но и изменить революцию, чрезвычайно сильно ее приблизила. А весной 1902 года Плеве и директор Департамента полиции Лопухин уже могли позволить себе уехать кто за границу, кто в деревню: «теперь вся полицейская часть, полицейское спокойствие государства в руках Зубатова, на которого можно положиться». Главный охранник империи попытался справиться с рождавшейся грозной партией социалистов-революционеров, но не успел, да и вряд ли смог.