Все эти события являются как бы предысторией к основному действию романа, которое начинается тогда, когда в Мэгги влюбляется Стивен Гёст — жених Люси, а в душе Мэгги просыпается ответное чувство. Это чувство она стремится подавить, ибо она не хочет принести горе Люси, отняв у нее жениха. Не хочет она также ранить сердце влюбленного в нее Филиппа Уэйкема, который верит, что в конце концов Мэгги все же выйдет за него замуж. Между тем любовь к Стивену властно захватывает ее, и она не в силах ей противиться.
Кульминационным пунктом романа является «похищение» Мэгги, — Стивен, под предлогом прогулки по реке, увозит ее на лодке так далеко, что они уже не могут вернуться в тот же день. Он умоляет ее тут же обвенчаться с ним. Но в Мэгги возникает нравственный протест против этой любви, которая строит свое счастье на несчастье Люси и Филиппа, и это приводит героиню к необычайному шагу, который сродни ее прежним выходкам, но на этот раз полон глубокого смысла. Она отказывается выйти замуж за Стивена. Джордж Элиот не без иронии рассказывает, как встретило бы общественное мнение городка Сент-Огг Мэгги, если бы она вернулась женой Стивена Гёста. Ее немедленно «простили» бы, и двери лучших домов открылись бы перед супругой богатого помещика. Общественное мнение снисходительно к проступкам удачливых и богатых. Но Мэгги не пожелала стать женой Стивена, и этого Сент-Огг не в силах понять. Все считают ее авантюристкой, которая пыталась отбить жениха у своей двоюродной сестры, но сама попала в беду, когда Гёст соблазнил и бросил ее. Все общество выражает свое презрение Мэгги. Родной брат выгоняет ее из дому. Местные франты, которые раньше ухаживали за ней, теперь нагло смеются ей в лицо. Для опозоренной Мэгги в Сент-Огг нет ни работы, ни друзей, ни сочувствия. Ей придется уехать из родных мест. И вот в этот тяжелый момент она снова получает от Стивена письмо, полное любви. Он умоляет ее выйти за него замуж. Но даже сейчас, изведав унижение и бедность, Мэгги не может принять счастье, построенное на чужом горе, и остается твердой в своем решении. Она не только живет, но и умирает ради других. Автор описывает наводнение на реке Флосс. Мэгги на утлой лодочке спешит спасти своего брата Тома, оставшегося на мельнице, и вместе с ним гибнет в бурных волнах реки.
Таким образом, если в «Адаме Биде» Элиот показала, как жестоко расправляется судьба с теми, кто нарушает свой долг, то в «Мельнице на Флоссе» показано мужество тех, кто наперекор всему — общественному мнению, материальной нужде, собственному чувству — выполняет свои нравственные обязанности так, как он их понимает. У брата Мэгги, Тома, тоже есть свои обязанности, и он не уклоняется от них. Он трудится изо всех сил, отказывая себе в самом необходимом, чтобы выплатить долги отца. Но это не что иное, как коммерческая добросовестность буржуа, стремление восстановить свою кредитоспособность в глазах окружающих, из презираемого Додсонами банкрота стать «таким, как все», и этому богу буржуазной респектабельности приносит жертвы Том Талливер. Мэгги вовсе не стремится быть такой, как все. Она вообще не думает о себе и о своем благополучии. Она стремится к самопожертвованию ради брата, ради Филиппа, ради Люси. Жить для других значит для нее забыть о своем благе — вещь немыслимая не только для Додсонов, но и для Тома.