Выступление Короленко с протестом против исключения Горького из состава почетных академиков, его открытая борьба с бесцеремонным произволом властей, отменивших избрание всенародно признанного писателя, наконец, его заявление и демонстративный уход из Академии наук—все это свидетельствует о том, как глубоко понимал Короленко общественную роль А. М. Горького, значение его как художника.
С 1899 по 1904 год появляются рассказы Короленко: «Марусина заимка», «Смиренные», «Мороз», «Огоньки», «Государевы ямщики», «Не страшное», «Мгновение», «Феодалы» и другие. В эти годы Короленко снова возвращается к сибирской теме и создает целый ряд значительных художественных характеристик. По сравнению с первым циклом сибирских рассказов, где внимание писателя было сосредоточено преимущественно на какой–либо одной стороне характера героя, в этих своих произведениях Короленко делает дальнейший шаг на пути реалистического изображения действительности. Во втором цикле сибирских рассказов расширяется драматический конфликт, образ получает более всестороннее и глубокое освещение. Прославление активного отношения к жизни, призыв к борьбе с социальным гнетом, феодальными репрессиями и полицейским произволом составляют основное содержание и других произведений этого периода деятельности Короленко.
В рассказе «Смиренные» Короленко взволнованно пишет о жизни деревни, разоблачает обывательское благодушие, общественный индифферентизм, мещанское смирение. С еще большей остротой эта тема развита в рассказе «Не страшное». Герой рассказа Будников, в прошлом человек «с идеями», радикал, превращается в стяжателя. Он отошел от общественных задач, душа его «выдохлась и опустела»; по мысли автора, страшное — в «не страшном», в терпимом отношении к обывательским формам быта, делающим самое существование человека бессмысленным и мерзким. «Да, есть,'— пишет Короленко, — в этом обыденном, в этой смиренной и спокойной на вид жизни благодатных уголков свой ужас… специфический, так сказать, не сразу заметный, серый… Где тут, собственно, злодеи, где жертвы, где правая сторона, где неправая?.. И так хочется, чтобы проник в этот туман хоть луч правды живой». «Не страшное» по силе разоблачения буржуазной интеллигенции, яркости типов, по мастерству сюжета может быть отнесен к числу лучших рассказов Короленко. Напечатанный в 1903 году, рассказ говорил о приближении бури, без которой невозможно дальнейшее развитие общества.
В произведениях, появившихся перед революцией 1905 года, Короленко рисует тяжелую жизнь людей подневольного труда, обличает полицейский произвол и крепостнический режим самодержавного строя. Писатель–гуманист, рассказывая о тяжелой жизни народа, неизменно верит в его победу. С предельной ясностью это выражено в миниатюре «Огоньки». «…Жизнь течет все в тех же угрюмых берегах, — пишет Короленко, — а огни еще далеко. И опять приходится налегать на весла… Но все–таки… все–таки впереди — огни!» Эти слова Короленко в ту пору были восприняты как открытый призыв к борьбе с царизмом и реакцией во имя грядущего освобождения народа.