Сечевые казаки традиционно были резервом для пополнения реестрового казачьего войска на случай войны. Однако взять на довольствие всю сечевую братию возможности казны не позволяли, да и не было смысла ставить их под ружье. В то же время сечевое казачество постоянно расширялось за счет лиц, сбежавших «свет за очи» в поисках лучшей судьбы. Сечевых атаманов вскоре стали тоже величать гетманами. Ни реестровые, ни сечевые гетманы жалованье из польской казны не получали. Первые существовали за счет своих имений и военных походов, вторые довольствовались лишь тем, что добудут в боях. Польский король в конечном итоге вынужден был официально признать сечевого гетмана равным с другими (им назначаемыми) гетманами.
Первое на территории запорожской вольницы подразделение реестровых казаков (для охраны южных и восточных государственных границ, а также сдерживания сечевых казаков от действий, противоречащих интересам Польского государства) численностью в 300 человек было сформировано 5 июня 1572 г. по приказу Польского короля Сигизмунда II Августа коронным гетманом Юрием Язловицким. Это формирование возглавил старший воинский начальник и судья (в последующем гетман) шляхтич Ян Бадовский, и состояло оно преимущественно из этнических украинцев, проживавших в свободных поселениях за Днепровскими порогами. Воинское подразделение получило два официальных наименования «Низовое войско» и «Запорожское войско». Необходимо отметить, что польское правительство признавало казаками лишь личный состав этого войска, то есть военнослужащих, внесенных в реестр.
Реестровые казаки получили право иметь собственные военную, административную и судовую системы. Отличие реестровых казаков от сечевых еще и в том, что первые, находясь на содержании у польского короля, освобождались от всех налогов и повинностей, имели земельные наделы и семьи, могли заниматься промыслами и торговлей, вторые — не получали королевского жалованья, не имели собственности, семей, а на жизнь себе «зарабатывали» военными походами.
Реестровое войско на казацком совете (казацкой раде) имело право самостоятельно избирать себе гетмана и казацкую старшину. Оно получило несколько артиллерийских пушек, военные клейноды (булаву — символ должности, печать с гербом, хоругвь) и литавры. Гетман стал именоваться «Гетман Его Королевской Милости Войска Запорожского». Во владение реестровым казакам король передал г. Трахтемиров, в котором размещались арсенал и госпиталь для содержания и лечения больных, раненых и пожилых казаков. Запорожцы имели и свои дипломатические представительства: при польском короле и в Крымском ханстве.