Первым сигналом к начавшейся безостановочной перекройке проектов по опыту войны с Японией стало решение МТК 27 октября 1904 г., отменявшее предполагавшееся размещение на кораблях мин заграждения. Этому решению предшествовали опыты на Черном море, предпринятые после катастрофы с броненосцем "Петропавловск" в Желтом море 31 марта 1904 г. Результаты опытов были доложены генерал-адмиралу, который и приказал "на новых судах мин заграждения не иметь", на остальных — принять меры к безопасному их хранению. Об этом решении "за начальника ГМШ" контр-адмирал А. А. Вирениус (1850–1919) 15 октября 1904 г. и сообщал в МТК. Мины корабли возили в своих погребах для заграждения во время войны той бухты, в которой флот мог расположиться на стоянку. С этой целью, традиционно привычной, но малопонятной в условиях обороны Порт-Артура, мины сохранялись и на кораблях эскадры Тихого океана. С.О. Макаров не успел избавиться от этого анахронизма, и считается, что детонация запаса мин погубила броненосец "Петропавловск" 31 марта 1904 г. Теперь с минами на больших кораблях окончательно расстались, а для их массовой постановки с крейсеров и миноносцев стали применять специальные рельсовые скаты. Приняли и сделанное 21 декабря предложение минного отдела МТК об исключении из вооружения кораблей кормового минного аппарата.
Последующие почти не прекращавшиеся перемены в вооружении и бронировании носили столь же неорганизованный и случайный характер, каким отличалась вся деятельность Морского министерства перед началом и в продолжение войны с Японией. Члены МТК, пользуясь фактическим бесправием перед ними подчиненного им Главного корабельного инженера Санкт-Петербургского порта Д.В. Скворцова, принялись широко экспериментировать над строящимся на казенной верфи кораблем. Согласно военной субординации, Д.В. Скворцов обязан был безропотно выполнять то или иное решение, которое под влиянием случайно поступивших из Порт-Артура и не подвергшихся всестороннему анализу сведений принимал МТК.
Так, несмотря на мнение участников войны о неэффективности в боевых условиях 75 и 47-мм пушек, МТК продолжал сохранять их в вооружении миноносцев, строившихся на добровольные пожертвования, заменив, правда, 47-мм пушки на 57-мм. Половинчатым было и первое решение об изменении вооружения "Андрея Первозванного" и однотипного "Императора Павла I". Отказавшись 26 апреля 1905 г. от применения на них 47-мм (журнал МТК по артиллерии № 10), решили к прежним двадцати 75-мм пушкам добавить еще двенадцать. Для удобства действия артиллерии в средней части корпуса средние башни 203-мм орудий поднимали палубой выше. Средние 75-мм пушки с батарейной палубы передвигались в каземат на верхней палубе, а новые рассредоточивались на спардеке и мостиках. Добавлялась боевая кормовая рубка. Эти новые грузы рассчитывали частично компенсировать за счет более экономного переконструирования всех башенных установок, включая и 305-мм (т. е. обрекая их на новые переделки). Бронирование казематов 75-мм пушек и борта на батарейной палубе должно было осуществляться — ив этом прямо признавались — "за счет перегрузки".