Но возня продолжалась, и не было видно ей ни конца, ни края. Изменений было так много, что корабль, словно при Петре Великом, проектировался "с чистого листа" — на основании лишь теоретического чертежа. Почти не разрешимой оказалась проблема плутонгов 120-мм орудий. Из них носовые орудия, заливаемые на ходу водой, вообще стрелять не могли. Любопытно, что именно такие плутонги из-за неимением другого выхода пришлось принять для отечественных дредноутов, где их пушки также при сильной непогоде действовать не могли. На "Андрее" пушки этих плутонгов, благодаря наличию центрального каземата, разместили на его крыше для стрельбы поверх 203-мм башен. Не удержались от соблазна (предложение 12 апреля 1906 г. артиллерийского офицера Санкт-Петербургского порта капитана 2 ранга К.И. Дефабра) добавить на миделе по одной центральной 120-мм пушке. Все было, как в начале XIX в., когда командир строящегося корабля гордился, если ему удавалось где-нибудь в подходящем месте установить какую-либо дополнительную пушку.
В стремлении полнейшим образом усилить бронирование, отказались от традиционных бортовых иллюминаторов, превратив офицерские каюты и кубрики в "темницы" со слабой освещенностью, естественным светом лишь от палубных иллюминаторов.
Чтобы уменьшить помехи в стрельбе отказались, наконец от архаичной системы укладки якорей на подушках на палубе и перешли к втягивающимся в бортовые клюзы бесштоковым якорям. Все эти видимые новшества потянули за собой очередную цепь переделок. Одним из радикальных с неоправданной поспешностью внедрявшихся новшеств по опыту войны было решение обойтись на кораблях только одной мачтой. Считалось, что тем самым противник лишается возможности определить направление движения корабля по изменению створа его прежде имевшихся двух или трех мачт.
Однако еще до войны адмирал С.О. Макаров указывал на неудобства, которые сигналопроизводству создавала имевшаяся на крейсере "Новик" только одна мачта, она не позволяла поднять сразу или отрепетовать сложный флажный сигнал. На следующих кораблях серии "Жемчуг" и "Изумруд", учитывая настояние адмирала, было установлено три мачты. Но выводы "науки" были признаны более убедительным, чем практическое удобство службы. И крейсер "Адмирал Макаров" заказали в 1905 г. во Франции с одной мачтой. "Науку" решили приложить к строящимся броненосцам. Вместо двух мачт приказано было ставить одну. Оказалось, однако, что противник может ориентироваться и по створу дымовых труб.
Следом явилась другая напасть: прямое попадание в фок-мачту "Цесаревича" в бою 28 июля 1904 г. грозило ее падением. Для предотвращения подобных ситуаций и решено было обратиться к примеру мачт, применявшихся в американском флоте. Строго говоря, это были мачты русского инженера В.Г. Шухова (1853–1939), отличавшиеся особой технологичностью — возможностью собирать их из прямых связей. На кораблях такие мачты, будучи почти прозрачной сеткой, трудно было поразить прямым попаданием снаряда. Широкую сетчатую конструкцию такой мачты разрушить было весьма сложно. Но была у этих мачт своя особенность — они как это видно на снимках американских линкоров, требовали весьма обширного основания. У нас это неудобство решили устранить весьма просто. Площадь основания подогнали к габаритам, которые определялись расстоянием между носовой дымовой трубой и боевой рубкой. Совсем не шуховской оказалась и конструкция мачты. Секрет ее в документах пока что объяснений не находит. Получилась очень узкая и потому подверженная вибрации решетчатая ферма, напрочь лишенная достоинств мачт В.Г. Шухова. Но очень уж, видимо, казались они оригинальны, слишком явственно демонстрировали новизну решения, а потому и были установлены.