Теперь католическая церковь в Шотландии стала еще более господствующей. Яков V стал преследовать протестантов строгими законами и наказаниями. Свою жестокость он распространил на самые знатные фамилии королевства. Дворянство, раздраженное этим, искало случая отомстить ему за свои унижения и гонения. Случай этот скоро представился. Генрих VIII, видя, что племянник идет против его желаний и не вводит протестантство, объявил ему войну. Яков V не мог отразить англичан без помощи шотландского дворянства. Вот теперь-то дворяне и решили отомстить королю. Вместо того чтобы противостоять вторгшимся англичанам, дворяне объявили Якову, что война противна интересам государства. Однако король набрал 10-тысячное войско и двинул его к английской границе. Но это войско, встретившись с небольшим отрядом англичан в 700 человек, немедленно обратилось в бегство, желая унизить короля и подвергнуть его поражению. Такое позорное событие свалило короля. Заболев лихорадкой, он через несколько недель умер — в 1542 году, 31 года от роду. Незадолго до своей смерти он получил известие, что его жена Мария Лотарингская разрешилась от бремени дочерью. Это и была Мария Стюарт.
Собравшийся парламент признал Марию Стюарт королевой. А так как ей было всего 5 дней от роду, то парламент вручил главе шотландского дворянства графу Аранскому регентство и опеку над королевой-ребенком.
Теперь образовались две партии, оспаривавшие друг у друга власть, особу и наследство Марии Стюарт, опираясь — одна на поддержку Англии, а другая — на помощь Франции. Первая партия состояла из баронов и дворянства, а вторая имела во главе вдовствующую королеву и кардинала Битона, католического архиепископа Сент-Андрейского предместья. Генрих VIII между тем счел возможным снова начать осуществление своей мечты относительно Шотландии. Он стал просить руки Марии Стюарт для своего сына герцога Валлийского и объявил, что до достижения возраста юная королева находится под его покровительством. Такие притязания Генриха VIII возбудили народное недовольство. Граф Аранский присоединился к вдовствующей королеве и кардиналу Битону. Взоры шотландцев были устремлены на союз с Францией. Узнав об этом, Генрих VIII объявил Шотландии войну и подверг ее границы страшным опустошениям. Хотя он вскоре умер, национальная партия Шотландии решила войти в более тесный союз с Францией. С этой целью партия дала свое согласие регенту и вдовствующей королеве отослать шестилетнюю королеву во Францию для воспитания и обручения с молодым дофином (наследником) Франции, ее одногодком. Французский двор принял это предложение с радостью. Все теперь приобретали те или другие выгоды. Шотландия приобретала защитника, способного поддержать ее независимость; вдовствующая королева надеялась получить впоследствии регентство, а французский двор видел в этом неразрывном союзе верное средство унять Англию. Но больше всех выигрывало шотландское дворянство, буйному господству которого удаление Марии Стюарт и ее замужество в чужой земле должны были особенно благоприятствовать. В 1548 году французская флотилия Генриха II благополучно привезла Марию Стюарт во Францию. Король Генрих II принял ее, как дочь. Он назначил ей содержание, соответствующее ее сану, и стал воспитывать вместе со своими детьми. Между тем французы помогли шотландцам разбить англичан. После этого между Шотландией и Англией был заключен мир (1550 г.). В течение последующих десяти лет французское господство в Шотландии все возрастает. Вдовствующая королева добилась регентства, и все важнейшие должности, к неудовольствию шотландских дворян, заместили французами.