Пауль Эрлих в этот период подвергся незаслуженным нападкам со стороны прессы, дело даже дошло до суда. Эрлих был оправдан, а редактора Франфуртской газетенки осудили на год тюрьмы. Нападки недоброжелателей и атисемитские высказывания продолжались и это отразилось на состоянии здоровья Нобелевского лауреата.
Он тяжело переживал страсти, разгоревшиеся вокруг сальварсана.
Пауль Эрлих был горячо увлеченным исследователем, проводившим долгие часы в лаборатории, часто забывавшим при этом даже о еде.
Но был также всесторонне одаренной личностью, его интересовали не только научные исследования, но глубоко волновали и внешние стороны жизни. Он зачитывался романами Артура Конан Дойла, и тяжело переживал свирепствовавшую в Европе войну.
В последние годы жизни он страдал заболеванием сердца. Большая нервно-психическая нагрузка, отрицательные эмоции последних лет, курение способствовали развитию атеросклероза.
В 1914 году у Эрлиха появились симптомы нарушения мозгового кровообращения, от которых он относительно быстро избавился и продолжал интенсивно работать.
Женился Пауль Эрлих в 1883 году на Хедвиге Пинкус, дочери фабриканта-текстильщика, жившей также в Силезии, с которой он прожил счастливо до самой своей кончины. Она освободила его от забот повседневной жизни, создала благоприятные условия для творческой научной деятельности. Родила ему двух прекрасных дочерей.
Пауль Эрлих скоропостижно скончался от повторного инсульта 20 августа 1915 года на курорте Бад Хомбург, куда приехал для укрепления здоровья. Несмотря на военное время на похороны Эрлиха во Франкфурт приехало много выдающихся ученых страны. Обращаясь к покойному на могиле, Эмиль Беринг сказал: «Ты был королем в созданной тобой науке и учителем бесчисленного количества учеников во всем мире». Подобно гениальным людям в искусстве Эрлиха называли гением в медико-биологических исследованиях. Его имя навсегда останется в истории мировой медицинской науки.
Хедвига Эрлих после прихода в Германии к власти нацистов вынуждена была эмигрировать в США, где и скончалась в феврале 1949 года.
Пауль Эрлих был удостоен многих премий и наград, включая почетную премию Международного медицинского конгресса, медали Лейбига Германского химического общества, премии Камерона и звания почетного лектора Эдинбургского университета. Он был членом 81 научного общества и академий различных стран и обладателем почетных званий университетов Чикаго, Геттингена, Оксфорда, Бреслау и др.
Оба селестиальных близнеца – лауреаты Нобелевской премии по физиологии и медицине, Эмиль фон Беринг и Пауль Эрлих – стали первооткрывателями в области бактериологических исследований. Оба слыли смелыми и благородными людьми, упорными исследователями, отчаянными мечтателями и фантазерами.