Нашему герою срочно понадобился парламентский иммунитет: в 1999 году он был избран депутатом Госдумы по Чукотскому округу № 223. А в 2000 году, сразу после принятия закона о неприкосновенности губернаторов, Абрамович возглавил Чукотский АО.
Его губернаторство очень напоминает исторический анекдот. Фактически он был причислен к пантеону местных языческих богов. Сам он в округе появлялся нечасто, зато несколько топ-менеджеров „Сибнефти“ были брошены на решение социальных проблем региона. Одна из их блестящих идей позволила резко снизить показатели алкоголизма среди местного населения: всем сотрудникам чукотских предприятий зарплата стала начисляться на банковские карточки, которые принимались только в крупных магазинах, работавших до 9 часов вечера. Чукчи имели возможность выпить, но не могли сходить за добавкой, из-за чего бурно рос уровень жизни и улучшались демографические показатели.
„Сибнефть“ стала одним из крупнейших работодателей в регионе, зарегистрировав здесь десятки трейдерских фирм, которые получали серьезные налоговые льготы от местной администрации. Эти льготы позволяли оптимизировать налогообложение корпорации. Любопытно, что вскоре Абрамович возглавил борьбу с налоговыми схемами вертикально интегрированных холдингов. В начале 2000-х годов Борис Абрамович уже был равноудален и прозябал в Лондоне. Главным противником Романа Аркадьевича стал глава „ЮКОСа“. Ликвидация „внутренних оффшоров“ ЗАТО, введение единого налога на добычу полезных ископаемых и, наконец, предъявление руководству „ЮКОСа“ обвинений в уходе от налогов, нарушениях в ходе приватизации, покушениях на убийства и т. п. были этапами их противостояния. Обвинительный приговор, вынесенный Михаилу Борисовичу Ходорковскому в 2004 году, означал, что Абрамович достиг в бизнесе абсолютного сатори.
После этого Романа Аркадьевича с каждым днем связывало с российским бизнесом все меньше и меньше. В 2006 году он продал компанию „Сибнефть“ государству, выручив около 10 тысяч процентов чистой прибыли. Его официальные представители заявляли, что далеко не все $13 миллиардов перешли непосредственно в его руки: значительная часть отошла другим акционерам. Это бесконечно затрудняет оценку его состояния в то время. Деньги, вырученные от продажи „Сибнефти“, а также акций других компаний, принадлежавших Абрамовичу, были упакованы в несколько трастовых фондов.
Считалось, что их бенефициарами являлись пять детей Романа Аркадьевича от второго брака. Управляла активами абсолютно непрозрачная структура, британская компания Millhouse Capital. В начале 2007 года, когда Абрамович разводился со своей второй женой Ириной, публика следила за процессом в надежде, что британский суд выяснит размер состояния Романа Аркадьевича.