Об обстоятельствах этого чудовищного убийства капитан 2-го ранга Г. К. Граф пишет следующее: «В 3 часа дня разнеслась весть, что в 1 час 20 минут в воротах Свеаборгского порта предательски, в спину, убит шедший на Вокзальную площадь командующий флотом вице-адмирал А. И. Непенин. Убийство адмирала Непенина произошло при следующих обстоятельствах. Адмирал Непенин в сопровождении своего флаг-офицера лейтенанта П. И. Тирбаха сошел на берег. Едва только адмирал стал выходить из ворот порта, сзади него раздался выстрел. То убийца в матросской форме совершил свое злое дело. Адмирал упал, но и тогда в него было сделано еще несколько выстрелов из винтовок и револьверов. Флаг-офицер в момент первого выстрела был насильно оттащен своими матросами-доброжелателями в сторону и этим спасен. Этот случай определенно показывает, что тут преследовалась цель убить именно адмирала Непенина, вне связи с убийствами офицеров вообще».
Сохранились свидетельства лейтенанта Таранцева, жившего в тот период в Гельсингфорсе на улице, ведущей от порта в город. Эта улица построена в два уровня, из которых верхний расположен на 5–6 метров выше нижнего. Около половины первого к нему вбежал вестовой и закричал: «Ваше благородие, там внизу, на улице, убивают командующего флотом!» Лейтенант Таранцев бросился вниз, и глазам его предстала следующая картина: «Группа людей стояла у перил улицы и смотрела вниз, где на снегу, лицом вверх, лежал адмирал Непенин, а стоявшая от него в 10 шагах группа матросов стреляла в него из наганов. Увидев стоящую над ними и глядящую на происходящее публику, один из матросов направил на них наган и закричал: “Расходитесь, а то будем по вас стрелять!” Люди шарахнулись от них. Тело адмирала пролежало в снегу до трех часов дня, когда к месту убийства подъехал грузовик. Соскочившие с него матросы бросили тело на платформу и увезли в покойницкую клинической больницы Гельсингфорсского университета, куда свозились трупы всех убитых офицеров». Не только офицеры флота — очевидцы этих кровавых дней — документально засвидетельствовали все происходящее в Гельсингфорсе. Об этом свои воспоминания оставили и матросы, пришедшие во власть благодаря февральским событиям 1917 года. Так, дослужившийся в советское время до должности коменданта Московского Кремля матрос с крейсера «Диана» П. Д. Мальков в «Записках коменданта Кремля» о событиях февраля 1917 года в Гельсингфорсе пишет следующее: «В конце февраля 1917 года по боевым кораблям, сосредоточившимся в Гельсингфорсе, поползли слухи о революционных выступлениях питерских рабочих и солдат, о волнениях в Кронштадте, в Ревеле. Толчком к взрыву послужил приказ командующего флотом Балтийского моря адмирала Непенина, в котором сообщалось об отречении Николая II от престола и переходе власти в руки Временного комитета Государственной думы. Ненавистный адмирал заявлял, что в Ревеле, мол, начались беспорядки, но он, командующий, “со всем вверенным ему флотом откровенно примыкает к Временному правительству” и в Гельсингфорсе не допустит никакого нарушения порядка, никаких демонстраций и манифестаций. Приказ Непенина зачитали на кораблях 3 марта, и в тот же вечер поднялся весь флот, стоявший в Гельсингфорсе. Застрельщиками выступили матросы “Андрея Первозванного”. Поздним вечером на клотике броненосца ярко засияла красная лампа. Восставший корабль просемафорил всей эскадре: “Расправляйтесь с неугодными офицерами. У нас офицеры арестованы”. 4 марта утром “Андрей Первозванный” поднял сигнал: “Выслать по два делегата от каждого судна на берег”. Это было первое собрание делегатов всех судов. На собрании был создан Совет депутатов. В тот же день на судах были избраны судовые комитеты. Делегаты с судов рассказывали на собрании о зверствах отдельных офицеров, ярых приверженцев самодержавия, об издевательствах, которые они чинили над матросами. Наиболее злостные из них по приговору команд были расстреляны. Приговор привели в исполнение прямо на льду, возле транспорта “Рига”. С “Дианы” были расстреляны двое: старший офицер и старший штурман, сущие изверги, яростно ненавидимые всей командой».