А тем временем руководство ЦРУ приняло из ряда вон выходящее решение. В Ленгли решили: коль скоро Логинов — подстава КГБ, то его следует сдать контрразведке ЮАР. Это решение принимали начальник советского отдела Д. Мерфи и начальник отдела контрразведки Дж. Энглтон, и оно принадлежит к разряду тех, о которых сотрудники ЦРУ не желают говорить даже спустя много лет. Один высокопоставленный сотрудник ЦРУ в отставке не сомневается, что Энглтон был душой этого решения. «Он являлся кукловодом за сценой, он дергал марионеток за веревочки, независимо от того, была ли эта марионетка молодым Бегли, считавшим себя лучше всех, или кем-то другим. Дело в том, что Джим никогда не действовал открыто.
Но как шеф контрразведки Энглтон держал все мелочи в поле своего зрения. Он видел все. Никакая выдача Логинова не могла иметь место без его разрешения».
В июле 1967 года сотрудники службы безопасности ЮАР ворвались в квартиру Логинова и арестовали его. Он был отправлен в тюрьму, где его подвергали интенсивным допросам. Девятого сентября 1967 года полиция безопасности заявила, что Логинов признался в шпионаже против ЮАР и еще двадцати трех других стран. Шеф полиции безопасности генерал-майор Х.Дж. ван дер Берг огласил длинный список советских дипломатов в других странах, которых Логинов опознал как сотрудников КГБ. Фактически имена офицеров КГБ стали известны полиции безопасности ЮАР от ЦРУ, а вовсе не от Логинова. Выдача имен, по словам одного из сотрудников ЦРУ, была проделана для того, чтобы как можно сильнее скомпрометировать Логинова в глазах КГБ. В тюрьме ЮАР Логинова допросил также и Эванс, выступавший под видом сотрудника южноафриканской полиции безопасности. Однако ему так и не удалось добиться от Логинова признания в том, что он был агентом-двойником. Следует также отметить, что ложное признание Логинова могло стать пагубным для него в случае возращения в СССР.
В дальнейшем представители ЮАР предприняли шаги для обмена задержанных в ГДР агентов ФРГ на Логинова с последующей передачей его СССР. По словам Кайзвальтера, ключевой фигурой в обмене был Энглтон. Когда представители ЮАР, прежде чем согласиться на обмен, запросили ЦРУ, не желает ли оно заполучить Логинова, Энглтон ответил отрицательно. Безусловно, такое важное решение не могло быть принято без ведома директора ЦРУ Р. Хелмса. Однако тот утверждает, что ничего не помнит об этом.
Логинова доставили из ЮАР в ФРГ. Когда он понял, что его ожидает, то испугался до смерти и всеми силами воспротивился отправке в СССР. Сопровождавшим Логинова лицам пришлось буквально силой толкать его в руки сотрудников КГБ. ЦРУ стало известно, что Логинов был расстрелян.