Однако после ареста в 1986 году генерала Полякова Черновым заинтересовались в Следственном управлении КГБ. Дело в том, что на одном из допросов в 1987 году Поляков заявил:
«Во время встречи в 1980 году в Дели с сотрудником американской разведки мне стало известно, что Чернов передавал американцам тайнописи и другие материалы, к которым имел доступ по роду службы».
Впрочем, вполне возможно, что сведения о предательстве Чернова были получены от Эймса, завербованного весной 1985 года.
Так или иначе, но с этого времени Черновым занялась военная контрразведка, однако никаких доказательств его контактов с ЦРУ не было выявлено. Поэтому никто из руководства КГБ не решился дать санкцию на его арест. И только в 1990 году заместитель начальника отдела Следственного управления КГБ B.C. Васиннко подвигнул Главную военную прокуратуру на задержание Чернова.
На первом же допросе Чернов стал давать показания. Видимо, он решил, что его предали американцы. Когда через несколько месяцев Чернов рассказал все, следователь В.В. Ренев, который вел его дело, попросил его представить вещественное доказательство содеянного. Нот что он сам вспоминает по этому поводу:
«Я сказал: «Представьте вещдок. Это вам зачтется на суде».
Подействовало. Чернов вспомнил, что у него был друг капитан 1-го ранга, переводчик, которому он поварил англо-русский словарь. Тот самый, что в свое время он получил от американцев. В этом словаре в определенном месте имеется лист, который пропитан тайнописным веществом и является тайнописной копиркой. Адрес друга такой-то.
Я тотчас позвонил каперангу. Мы встретились. Я объяснил суть дела и с нетерпением ждал ответа. Недь скажи он, что сжег словарь, — и разговор окончен. Но офицер ответил честно, да, было такое. Нома у меня или нет этот словарь, не помню, надо посмотреть.
В квартире огромный стеллаж с книгами. Он достал один словарь — нет, не подходит под описанный Черновым. Второй — именно он. С надписью «Подарок Чернова. 1977 г.».
На титульном листе словаря — две строчки. Если подсчитать количество букв в них — можно определить, на каком именно листе имеется тайнописная копирка. Когда эксперты исследовали ее, удивились: ничего подобного они ранее не встречали. И хотя тридцать лет прошло, копирка была абсолютно пригодна к использованию».
По словам же самого Чернова, во время следствия у КГБ не было вещественных доказательств его вины, а произошло на самом деле следующее:
«Мне сказали: «Прошло много лет. Поделитесь своими секретами о деятельности американских спецслужб. Мол, сведения будут использованы для обучения молодых сотрудников. И за это до суда мы вас не доведем». Вот я и выдумывал, фантазировал, рассказывал то, что когда-то в книжках вычитал. Они же обрадовались и взвалили на меня все провалы, которые были в ГРУ за последние тридцать лет… Ничего ценного в переданных мною материалах не было. Документы были отсняты в обычной библиотеке. И вообще, если бы я захотел, то мог бы развалить ГРУ. Но я этого не сделал».