Мария, которая к тому времени развелась с мужем, вместе с шестилетней дочерью выехала в Стокгольм, а Бутков 22 мая 1991 года, сообщив резиденту, что едет в командировку в соседнюю Данию, исчез из посольства. Больше в посольстве его не видели. Но неожиданно через три дня он позвонил жене и сказал: «Бери детей и приезжай. Я не желаю возвращаться в Москву!» Марина Буткова категорически отказалась следовать за мужем и немедленно сообщила о его звонке в посольство. Там же не нашли ничего лучшего, как обратиться в Интерпол с просьбой провести расследование в связи с пропажей корреспондента советской газеты. Но представители Интерпола отказались проводить расследование, сославшись на информацию одной из западных радиостанций о том, что Бутков находится в Англии и его допрашивает английская контрразведка МИ-5.[82] При этом Центр общественных связей КГБ СССР опубликовал в советской прессе опровержение сообщений о том, что Бутков был офицером КГБ и бежал в Англию, хотя действительное положение вещей им было хорошо известно.
Сам же Бутков, как стало известно позднее, обратился к резиденту СИС в Стокгольме с просьбой о политическом убежище. В качестве благодарности за это Бутков выдал известные ему намечавшиеся операции КГБ в Скандинавии и назвал всех сотрудников резидентур КГБ и ГРУ в Осло. В СССР продолжали скрывать факт предательства сотрудника ПГУ до тех пор, пока в зарубежной печати не появилось открытое письмо самого Буткова в ПГУ КГБ, поставившее все на свои места. В этом письме Бутков так объяснил мотивы своего побега:
«Пользуясь удобным случаем, представившимся в связи с приездом в Лондон моего отца, хотел бы поставить Вас в известность о мотивах моего ходатайства о политическом убежище в Великобритании.
Мое обращение к британским властям с просьбой о предоставлении политического убежища в мае 1991 года было продиктовано политическими мотивами. Это был совершенно сознательный и самостоятельный шаг, никакому давлению я не подвергался. Я считал своим долгом противостоять попыткам реакционных сил в СССР, и прежде всего КПСС и ее инструмента КГБ, заморозить и задушить процесс демократических преобразований. Я считал, что задания, которые получают загранаппараты КГБ, попросту преступны и направлены на сохранение власти элиты в ущерб народу и государству. Твердое убеждение в том, что подлинного врага следует искать внутри страны, а не снаружи и что интересы Запада совпадают с подлинными интересами народа (а отнюдь не верхушки, разумеется), и привело меня к решению: помочь политическим лидерам Запада верно оценить процессы, происходящие в СССР, вопреки активно распространявшейся КГБ дезинформации о демократическом движении и его лидерах. Считаю, что я выполнил свой долг.