Ответа на это письмо не последовало, но в начале 1988 года Калугина перевели в Министерство электронной промышленности СССР на должность начальника управления безопасности и режима, что являлось повышением. Однако в октябре 1988 года председателем КГБ стал В. Крючков и карьере Калугина пришел конец. Правда, Калугин сделал последнюю попытку, и на встрече с Крючковым, состоявшейся после назначения последнего председателем КГБ сказал, что наибольшую пользу родному ведомству он мог бы принести на посту руководителя пресс-службы КГБ. Назначение это не состоялось, а в сентябре 1989 года, после того как Калугину исполнилось 55 лет, его вызвали в управление кадров и сообщили о предстоящем увольнении в запас. В марте 1990 года он получил удостоверение генерала запаса, ветеранскую медаль и 7 тысяч рублей премии.
Но спокойная жизнь пенсионера не устраивала Калугина. И 16 июля 1990 года он выступил на конференции «Демократическая платформа в КПСС» с критикой в адрес ведомства, в котором прослужил 32 года.
Ничего нового сверх того, что уже знали советские граждане, в выступлениях Калугина не было. Но Крючков в ответ на это выступление приказал начать против отступника кампанию по дискредитации с лишением Калугина пенсии, наград и т. д.
В защиту отставного генерала выступили не только те, кто называл себя демократами, но и бывшие сотрудники КГБ. На волне популярности Калугин становится депутатом Верховного Совета СССР. Однако все в мире переменчиво, и после роспуска Верховного Совета Калугин очередные выборы проиграл и о нем вскоре стали забывать.
Но мятежный генерал не успокоился и сделал сенсационное заявление об участии ПГУ в убийстве в 1978 году в Лондоне болгарского диссидента Г. Маркова. Правда, сам же в результате и пострадал. Тридцатого октября 1993 года, когда он в очередной раз прилетел в Лондон для участия в съемках передачи Би-би-си об английской разведке, его арестовали в аэропорту Хитроу по подозрению в причастности к убийству Маркова и доставили в Скотленд-Ярд для допроса. На следующий день, после демарша российского посольства, он был отпущен на свободу и вернулся в Россию. Зла, по утверждению Калугина, на англичан он не держал, но те не оценили его великодушия и, когда он в ноябре 1994 года вновь решил посетить Лондон, отказали ему в визе.
Впрочем, Калугин особо по этому поводу не горевал, так как в сентябре 1994 года в США вышла его книга «Первое главное управление». Книга разошлась приличным тиражом и принесла автору не только деньги, но и известность. Ее издали также и в России, в сокращенном варианте. Но бывших сослуживцев Калугина она неприятно удивила. Вот, например, как отзывается о ней резидент КГБ в Вашингтоне в 1966–1968 годах Б. Соломатин: