Так оно и случилось. Встав во главе ГПУ, Жехорский тут же принялся ратовать за замену военных комиссаров на офицеров по воспитательной работе. Ленин и Спиридонова (даром, что жена!) поначалу сомневались. Уж больно шумно возмущались «недальновидностью товарища Жехорского» Троцкий и компания, а среди них сильнее всех драли глотки его (Жехорского) собственные замы Крыленко и Дыбенко. И вот тут неоценимую помощь оказал Жехорскому Тухачевский, который не только поддержал его в вопросе о военных комиссарах, но и нашёл пару-тройку весомых аргументов в поддержку идеи. «Нет, — думал Жехорский, — не может тёзка быть врагом. Что-то, может, там и есть, но в целом ребята явно перегибают палку». Его самого гораздо больше беспокоило состояние дел в НГБ, и это несмотря на то, что в наркоме государственной безопасности Дзержинском он был полностью уверен. Зато в начальнике Второго главного управления (внутренняя безопасность и контрразведка) Лацисе Жехорский был совсем не уверен, более того, видел в нём ставленника Троцкого, а значит, потенциального врага. Не радовало Михаила Макаровича и то, что соратники Лациса прочно обосновались в Петроградском и Московском управлениях НГБ. И это при том, что на Лубянской площади верховодил его товарищ по партии эсеров Блюмкин.
Неприязнь Жехорского к Якову Блюмкину разделяли многие эсеровские боссы, в том числе Спиридонова и Александрович. За то, что на последнем съезде партии тот выступил с резкой критикой руководства: не потому, мол, пути, ведёте партию, товарищи! Это было тем более досадно, что подавляющее большинство делегатов съезда определённый руководством партии курс как раз поддержали. Как поддержали предложение о переименовании партии из ПСР (партии социалистов-революционеров) в ПСР (партию социальных реформ) — то есть, как были эсеры, так ими и остались.
Жехорский опять вернулся мыслями к Лацису. Этот латыш вознамерился – с подачи Троцкого, разумеется – углублять диктатуру пролетариата не мытьём, так катанием. Контрразведка стала откровенно третировать всех, кого подозревала в недостаточной любви к рабочему классу. И если в отношении действующих армейских и флотских офицеров, сотрудников НКВД, научно-технической интеллигенции это не очень-то и катило – инспирированные сотрудниками Лациса проверки, как правило, заканчивались ничем, — то деятелям культуры контрразведчики нервов поистрепали изрядно. Почему так? Всё предельно просто. Дела военных сразу ложились на стол начальника Третьего главного управления НГБ (военная контрразведка) генерал-майора Ерандакова, человека Жехорского и компании. Нарком внутренних дел Александрович своих тоже в обиду не давал. Инженеров и учёных (а заодно и преподавателей ВУЗов) тут же брал под крылышко председатель ВОК Ежов. А вот товарищ Луначарский перед людьми Лациса откровенно робел. Потому к концу 1919 года стал заметен отток деятелей культуры за рубеж. В январе 1920 года покинули Россию Мережковский и Гиппиус.