Для осуществления взаимодействия всех разведывательных органов Советского Союза имелся Координационный совет по разведке, который 29 мая 1941 г. принял инструкцию о взаимодействии в мирное время. Военное время было решено обсудить позднее.
Поскольку организовать разведывательную работу в Германии и оккупированных странах не получилось, то 18 июля 1941 г. ЦК ВКП(б) выносит постановление «Об организации борьбы в тылу германских войск». В нем провозглашались первоочередные задачи внешней разведки: установление военно-политических планов противника и его союзников, формирование особых разведывательно-диверсионных отрядов. Были поставлены цели по выяснению подлинных планов и намерений США и Великобритании по поводу текущей войны и политического устройства после ее завершения. Для недопущения их присоединения к странам нацистского блока разведка должны была осуществляться и в нейтральных странах. Наряду с этим для укрепления военного и экономического потенциала Советского Союза должна была вестись научно-техническая разведка.
Достижению поставленных целей обязано было способствовать усиление разведывательных подразделений органов госбезопасности. Главным из них являлось 1-е управление НКГБ, состоявшее в начале войны из 1 0 отделов и 2 групп.
В военное время по состоянию на август 1941 г. структура внешней разведки включала:
— руководство разведки, секретариат;
— центрально-европейский отдел: немецкое, польское, чехословацкое, венгерское, украинское отделения;
— балканский отдел: болгарское, румынское, югославское, греческое отделения;
— западно-европейский отдел: французское, бельгийское, итальянское, швейцарское, португальское отделения;
— скандинавский отдел: финляндское, шведское, норвежское, датское, голландское отделения;
— англо-американский отдел: отделение по Соединенным Штатам Америки, английское, канадское, южно-американское и отделение научно-технической разведки;
— 1-й дальневосточный отдел: японское, маньчжурское, корейское отделения;
— 2-й дальневосточный отдел: китайское, таиландское, синцзянское отделения;
— средневосточный отдел: отделение по Ирану и остальным арабским странам, а также по Афганистану и Индии;
— отдел совколоний.
На протяжении Великой Отечественной войны во главе внешней разведки органов госбезопасности стоял П. М. Фитин, которому позднее присвоили звание генерал-лейтенанта. Первое управление НКВД — КГБ СССР ведало разведкой на территории иностранных государств. Для организации партизанского движения на временно занятой врагом территории, определения военных планов немецкого командования на фронте и диверсионной активности противника в январе 1941 г. было сформировано 4-е управление НКВД. Возглавил его генерал-лейтенант П. А. Судоплатов. Разведывательно-диверсионная работа в тылу немцев поручалась Отдельной мотострелковой бригаде особого назначения под руководством В. В. Гриднева. Кроме того, разведывательной деятельностью в тылу противника занимались партизанские отряды и резидентуры в оккупированных населенных пунктах.