Тем не менее он, как всегда, с головой ушел в работу. Маршал A.M. Василевский вспоминал, как Шапошников, приглашая его в 1937 г. на работу в Генштаб, не стал скрывать: работать придется до изнеможения. Эти слова в первую очередь выражали его собственное отношение к труду, его полнейшую самоотверженность в интересах дела.
Признаваясь, что немногие люди оказали на него такое сильное влияние и дали ему так много, как Борис Михайлович. Его ученик и преемник по руководству Генштабом Маршал Советского Союза A.M. Василевский писал: «Б.М. Шапошников обладал всеми необходимыми качествами для работы в Генеральном штабе: отличным знанием военного дела, большой эрудицией, огромным трудолюбием и высоким чувством ответственности. Опыт крупной оперативно-штабной работы в годы Первой мировой и гражданской войн, высокое доверие со стороны Центрального Комитета партии и Советского правительства позволили Б.М. Шапошникову превратить Генеральный штаб в подлинный центр руководства военным планированием, боевой и оперативной подготовкой Красной Армии…
Борис Михайлович, — подчеркивал Василевский, — был известен не только нашим Вооруженным Силам и стране, но и в армиях зарубежных стран как крупный военный теоретик, отличный организатор, мастер оперативной штабной работы. Он внес заметный вклад в подготовку большой плеяды опытных советских военачальников»>{78}.
Возглавив Генштаб, Шапошников настойчиво добивался улучшения штабной службы в армии во всех ее звеньях. Через вновь образованный в марте 1938 г. Главный военный совет (в его состав входили и высшие политические руководители, включая Сталина) Борис Михайлович провел решения, направленные на реорганизацию в РККА оперативно-штабной службы. Их суть сводилась к тому, чтобы повысить внимание командиров всех степеней к организации штабной службы, добиться того, чтобы штаб в целом, так же как командир соединения, части, нес полную ответственность за организацию и исход боя. Всю оперативно-стратегическую подготовку руководящего состава РККА стремились строить с учетом опыта боевых действий в войнах и военных конфликтах (в Испании, на Хасане, на Халхин-Голе), а также опыта иностранных армий, в первую очередь Германии, Италии и Японии.
По оценке A.M. Василевского, его учитель в течение своей службы, особенно на посту начальника Генерального штаба, «последовательно решал вопросы, связанные с централизацией в руководстве Вооруженными Силами, боролся за осуществление четкой регламентации штабной службы на всех уровнях… Б.М. Шапошников был последовательным сторонником объединения управления Вооруженными Силами в Генеральном штабе. В этих вопросах он выступал не только как военачальник, предлагающий реализовать какую-либо частную идею в боевой подготовке или в организационной структуре того или иного войскового организма, а как государственный деятель, проявляющий заботу о необходимом пересмотре взглядов на всю структуру рабочего аппарата верховного командования и его роль в руководстве жизнью и боевой деятельностью Вооруженных Сил в целом»