В 1992 г. отряды моджахедов во главе с Бурхануддином Раббани свергли президента Мохаммеда Наджибуллу. Вскоре в Кабуле разразились уличные бои в бейрутском стиле. Особенно упорно сражались пуштуны из партии «Хезб-и-Ислами» и таджики из «Джамиат-э-Ислами».
Отряды Хекматиара из ракетных установок, минометов и артиллерийских орудий варварски обстреливали столицу, которая практически не пострадала во время пребывания там советских войск. Были разрушены целые кварталы, мечети и правительственные здания. Кабул был обращен в руины. В Кандагаре в результате столкновений различных группировок моджахедов оказалась разрушенной практически вся традиционная властная структура. В сельских районах соперничество между полевыми командирами, наркобаронами и криминальными группировками привело к возникновению анархии, поскольку в результате начала разрушаться структура племенного и кланового управления.
В 1993 и 1994 гг. бои продолжались как в районе Кабула, так и по всей территории Афганистана. Правительство перемещалось по столице, перебираясь из разрушенного здания в еще уцелевшее. Бывало даже так, что во время особенно интенсивных боев оно действовало из столицы провинции Парван города Чарикар, расположенного в 65 км севернее Кабула. 1 января 1994 г. отряды Хекматиара, Дустума и Абдула Али Мазари нанесли один из самых мощных ударов по Кабулу. Он унес несколько тысяч жизней. Население столицы, которое за время войны с русскими превысило два миллиона жителей, теперь насчитывало менее 500 000 человек >30. За первую неделю боев правительственные войска были вытеснены из юго-восточной и восточной частей столицы, но вскоре вернули контроль над потерянными позициями. В июне отряды Масуда начали наступление, в результате которого боевики Хекматиара были вынуждены оставить две стратегически важных высоты, откуда они вели ракетный обстрел Кабула.
Когда бои заходили в тупик, предпринимались попытки выступить с мирными инициативами. В апреле 1994 г. ООН предлагала выступить посредником между воюющими сторонами. В июле 1994 г. Исмаил-Хан провел мирную конференцию и предложил передать власть новому правительству, но инициатива была блокирована Хекматиаром, Дустумом, Мазари и другими полевыми командирами. В ноябре Иран и Организация Исламская конференция организовали мирную конференцию в Тегеране. Правда, участников оказалось очень мало. 28 декабря 1994 г. срок президентских полномочий Раббани истек. Но поскольку конфликт не был разрешен и не был достигнут компромисс по вопросу механизма передачи власти, Раббани остался президентом «по умолчанию», ожидая, пока ООН найдет способ урегулировать ситуацию миром