Пока продолжались политические переговоры и торги, начиная с 13 октября и по 22 ноября всех тамплиеров Франции подвергли жестоким пыткам с целью вырвать у них признание в ереси. В ход шли самые изощренные способы. До каких пределов доходили мастера заплечных дел в камерах инквизиции, чтобы довести дело до последней грани человеческой предсмертной агонии, говорит тот факт, что в первый день пыток тридцать шесть тамплиеров были замучены до смерти. Их высшей законной властью был только папа; как члены духовного ордена, они не подлежали физическим пыткам, но оказались во власти инквизиторов, вооруженных дыбами и раскаленным железом. Добавим к этому обстановку средневековой тюрьмы, умышленно устроенной так, чтобы извлечь из несчастной жертвы любое признание, ибо все окружающее служило средством сломить волю, где человек безжалостно растаптывался и унижался морально и физически.
В отличие от современных тюрем, где заключенных содержат в отдельных камерах, средневековые узилища представляли собой большое помещение с крошечным окошком или вообще без окон, чтобы сделать побег невозможным. Заключенные приковывались цепями к стене или к полу. При облегченном наказании цепи были не очень тяжелыми и позволяли двигаться в известных пределах и даже лечь. В других случаях цепь позволяла только сидеть или стоять на коленях. В целях наказания железный ошейник иногда закреплялся так высоко, что заключенный, дабы не задохнуться, мог стоять только вытянувшись. К цепям нередко добавляли дополнительный груз, чтобы еще больше затруднить движение.
Ни о какой санитарии в таких застенках не могло быть и речи, о свежем воздухе не приходилось и мечтать, зловоние было ужасающим. В некоторых тюрьмах для стока мочи, экскрементов, рвоты и крови делали специальный желоб. Это позволило французам добавить особо изощренный способ унижения человека, прозванный «галльский мешок». Этот желоб с нечистотами отводился в зарешеченную яму, куда сажали особо непослушного, неисправимого или обреченного на полную деградацию человека.
Заключенных содержали полураздетыми или вообще без одежды. Летом они изнывали в духоте, зимой замерзали до бесчувствия. Воду и пищу давали самого скверного свойства, рассчитанную на то, чтобы как-то продержать человека живым до нужного тюремщикам срока. Такой пыточный инструментарий, как дыбы или специальные колеса, был громоздким, и потому жертв доставляли на место пытки. Другие снаряды для пытки, наоборот, приносили в общую камеру, чтобы агония и мучения пытаемого происходили на глазах его сокамерников. В ожидании своей очереди часто морально ломался даже крепкий человек и был готов признаться в чем угодно, стоило палачам к нему приблизиться.