Но успешное противостояние воздействию чужой культуры осложнялось несколькими обстоятельствами, в конечном счете предопределившими поражение. Свою роль играла сравнительная изолированность русского населения, недостаток поддержки со стороны единоверцев, ренегатство аристократии. Однако важнее всего было то, что за неимением своей налаженной системы образования, центров обучения, учителей и средств на все это — православные священники и миряне были вынуждены искать обучения в школах иноверцев — у лютеран, униатов, и в первую очередь в иезуитских училищах и латинских академиях. Причем для того, чтобы поступить в эти учебные заведения, приходилось, хотя бы и временно и для вида, оставлять православие и принимать иноверие.
В результате немалое число учеников так и оставалось потерянным для православия, но еще больше из них, выучившись, возвращались домой, принося вместе с богословским образованием его издержки — явные следы латинского или протестантского учения, а также привычку к обычаям, вкусам и образу жизни инокультурной среды. Это были люди «православного вероисповедания, но католической культуры», по меткому замечанию С. Зеньковского. С течением времени это привело к повсеместному распространению среди священников и мирян южно- и западнорусских земель многих богословских отклонений от канонического православия. Под руководством первоиерарха западнорусских земель в составе польско-литовского государства, митрополита Петра Могилы, в Киеве в 1630-х годах был составлен новый Катехизис. В своих первых редакциях он содержал несколько положений, внесенных туда под явным влиянием католичества, в первую очередь учение о существовании чистилища.
В появившихся впоследствии собственных школах и академиях, в которых преподавали выученики латинских училищ, где языком преподавания и науки был латинский, где изучали произведения латинских писателей, воспитывались люди, которым по духу оказывались ближе христиане Запада, чем единоверцы из православной Москвы.
Некоторые из южнорусских церковных деятелей и писателей в спорах с московскими критиками вынужденно признавали собственные отступления и «погрешения», признавали подверженность своего богословия чужим влияниям, полным «лжи и яда змия адского», как говорил Кирилл Транквиллион-Ставровецкий. А украинские монахи, зная про недуги местного благочестия, о Могилянской академии, ее преподавателях и учениках, отзывались весьма скептически, утверждая, будто там «тайное гнездо антихриста уфундовалось»…
Со второй четверти XVII столетия малороссийское интеллектуальное влияние в Московском государстве расширяется. Но в действительности это означало проникновение в страну не столько южнорусской, сколько польской культуры. А полонизация «святорусского царства» в конечном счете вела к разрушению самобытности и распространению начал западноевропейской цивилизации в России.