Подобные перемены говорили о возросшей роли государственной власти, стремящейся вмешиваться и иметь решающий голос во всех областях внутренней жизни страны, даже тех, которые традиционно сохраняли определенную автономность.
Никон категорически возражал против вмешательства государства в дела церкви и ограничения самостоятельности иереев, бывших ранее полновластными распорядителями в своих епархиях. Несмотря на расположенность к Никону, в этом вопросе царь Алексей оставался непреклонен, хотя сделал множество исключений лично для своего друга. Патриаршии земельные владения значительно увеличились благодаря царским пожалованиям и включали в себя целые уезды и города. Суд и управление внутри этих территорий по-прежнему находились в ведении патриарха.
Но Никон не был удовлетворен этими уступками и развернул настоящую войну за отмену стеснявших церковную иерархию статей Уложения. В пылу борьбы он стал настаивать на изначальном превосходстве духовной власти патриарха над царской.
В исторической литературе обыкновенно придается достаточно большое значение этому противостоянию и его известному исходу в пользу царя, как едва ли не судьбоносному для будущих взаимоотношений церкви и государства в России. Но во властных претензиях Никона, как и в его «книжной справе», нельзя не видеть решающего значения элемента случайности, эмоционального увлечения, а не твердой продуманной позиции. Утверждая, что «священство царства преболе есть», патриарх не имел для защиты своих взглядов ни практических возможностей, ни опоры в истории русской церкви, ни удовлетворительной школьной подготовки.
Желание стать «папой» московского, а потом и вселенского православия — было не чем иным, как бредовой мечтой, не имело ничего общего с реальностью. Царь, в свое время предоставивший Никону немало полномочий в решении непосредственно государственных дел, серьезно забеспокоился. Но и его реакция была затемнена личным отношением, не имела за собой продуманного плана или конкретной политической цели. Безусловно, при царе Алексее начинает совершаться переход к новым формам взаимоотношения церкви и государства, так же как меняются взаимоотношения власти и всего русского общества. Но перемены в большинстве случаев еще не обусловлены сознательным стремлением к ним, зависят от индивидуальных особенностей и склада характера своих авторов. При этом инициаторы перемен совершенно не умеют предвидеть последствий своих действий.
Отношения царя и патриарха были в первую очередь конфликтом двух людей, двух честолюбий, а не противостоянием «церкви» и «государства». Алексей Михайлович стал тяготиться властным другом, которого принял «отца в место» в пору ранней юности, и искал способов избавиться от его навязчивого участия в делах правления. Но в этой борьбе все же проявилась черта, представлявшая собой важную тенденцию в ходе всей начавшей ломки общественных институтов и представлений. Споря о власти, царь и патриарх совершенно забыли о том, что прежде решающую роль в жизни церкви имел не светский правитель, и не духовный глава, а собор всех христиан — мирян и священников. Но соборность предполагала определенную степень свободы, в том числе гражданской самостоятельности граждан, которая стремительно уменьшалась в это время.