В заключение скажем несколько слов о церковной политике Юстиниана. Стоя на страже церковного единства, он должен был вести борьбу с двумя главными еретическими течениями своего времени: монофизитством и арианством. Арианство было представлено двумя нациями германского корня, и оба народа были стерты, сметены с лица земли: в Африке и на некоторое время в Италии Церковь вернула себе прежнее единство. Нет ничего приятнее Богу, высказывал Юстиниан, как соединение всех христиан в одно стадо. Средоточием монофизитского движения являются Сирия, Палестина и Египет. На эти цветущие провинции направлена была церковная политика Юстиниана. В отношении к еретикам светское законодательство действовало по правилу: справедливо лишать благ земных того, кто не почитает истинного Бога. Правительство употребляло против еретиков мероприятия материального воздействия — ограничение в имущественных правах и конфискацию. Беспощадное применение такого рода системы разорило и обезлюдило Сирию. В начале царствования Юстиниана пострадало в одной Сирии до 50 монофизитских епископских церквей. Епископы были лишены кафедр, их церкви понесли страшный материальный урон. Последовательное применение системы беспощадного преследования монофизитов в течение долговременного правления Юстиниана в конце погубило цветущую и важную провинцию. Лишь Феодора давала гонимым монофизитам некоторый отдых.
Для характеристики того, как понимал Юстиниан вероисповедную свободу в отношении еретиков, припомним, что все дела о религии и о всем с нею связанном подлежали церковному суду, монофизиты судились православными епископами и монахами. Особенно монашество заняло в V и VI столетиях руководящее положение в области церковной политики, и его влияние было направлено в сторону крайних мер против еретиков. С мнением монахов считались государи. Симеон Стилит, подвизавшийся 40 лет на столпе, принимал послов от Феодосия и Пульхерии, привозивших ему царские грамоты, и давал правительству свои советы по церковным делам. Между тем все вопросы церковной политики имели для империи в VI столетии крайне важное и деликатное значение. С ними были связаны жизненные интересы всего Востока, особенно Сирии. Правительство само упоминало в похвалу себе, что до 70 000–80 000 еретиков было изгнано из Сирии. Страна должна была запустеть. Насильственное, вызванное религиозными гонениями опустошение Сирии и до сих пор может быть засвидетельствовано состоянием опустевших городов и селений. В безлюдных и безводных пустынях Сирии попадаются селения и помещичьи виллы с окнами и галереями кругом домов, с террасами и лестницами и с различными службами, производящие на путешественника такое впечатление, что как будто жившее в них население лишь недавно покинуло эту местность, оставив свои дома под угрозой какой-то опасности. Но Сирию обезлюдило не персидское или арабское нашествие, но религиозное преследование. Религиозная политика Юстиниана подготовила порабощение этой страны арабами. В то время, как гонимые православными монофизиты массами покидали Сирию и искали приюта в Персии и Египте, до 500 монофизитствующих монахов пришли в столицу, где императрица Феодора дала им покровительство и приют. Она обратила в монастырь дворец Ормизды, где гонимые монофизиты нашли себе пристанище. Источники повествуют (Иоанн Ефесский), как император иногда посещал эту новую обитель, основанную в его же дворце для гонимых им еретиков. Такова неискренность императора, особенно рельефно проявившаяся в церковных делах.