Главными мероприятиями Витте в экономической сфере стали винная монополия (1894), денежная реформа (1897), активное железнодорожное строительство (в 1890-е гг. протяженность вновь построенных железных дорог составила свыше 23 тыс. км). Добился заключения концессионного русско-китайского договора о сооружении и эксплуатации Китайской Восточной железной дороги (1896). Провел реформу торгово-промышленного налогообложения (промысловый налог 1898 г.), которая, не изменив его щадящий характер, несколько увеличила оклады обложения. Предпринял попытку реформы торгово-промышленного законодательства. Закон от 7.6.1899 г. (учреждавший Главное присутствие по фабричным и горнозаводским делам) и общая тактика Министерства финансов соответствовали интересам промышленного развития, но входили в противоречие с политикой Министерства внутренних дел, настаивавшего на прерогативе своего ведомства в решении рабочего вопроса. В 1890-е гг. Витте вел полемику с И. Л. Горемыкиным, представившим проект реформы земского самоуправления. Подготовил по этому вопросу две записки; возражения Витте сводились к тому, что принцип самоуправления не соответствует самодержавному строю; предлагал заменить земскую систему хорошо организованным бюрократическим аппаратом, пытаясь распространить общие принципы своей экономической политики на управление местным хозяйством. Витте не удалось осуществить свой проект из-за противодействия В. К. Плеве.
По ходатайству Витте заведование коммерческими учебными заведениями в 1893 г. возложено на Министерство финансов (в 1896–1902 гг. открыто 147 новых учебных заведений). Витте — инициатор создания Особого совещания о нуждах сельскохозяйственной промышленности (1902–1905) и его председатель. В представленной записке выступил сторонником ликвидации крестьянской сословной обособленности в области права, управления и землепользования. Высказывался за свободный выход из общины, за ограничения на распоряжение надельными землями. Положения программы Витте были впоследствии использованы П. А. Столыпиным.
В начале XX в. отстаивал широкое привлечение земств к практической деятельности. Однако из-за противодействия руководства Министерства внутренних дел в лице В. К. Плеве, А. С. Стишинского, князя А. Г. Щербатова и других (поддержанных императором Николаем II) добился лишь отмены круговой поруки в общине (1903) и облегчения паспортного режима крестьян. Во внешней политике придерживался осторожной тактики, выступая противником активной политики на Дальнем Востоке, поддержал В. Н. Ламздорфа в борьбе против «безобразовской клики», но потерпел неудачу, завершившуюся его отставкой в августе 1903 г.; назначен председателем Комитета Министров. Осенью 1904 г. демонстративно поддержал действия П. Д. Святополк-Мирского. При обсуждении (февраль 1905) проектов введения народного представительства первоначально выступал его решительным противником, затем предлагал назначение представителей вместо их избрания. В неблагоприятной международной обстановке в период русско-японской войны 1904–1905 гг. добился заключения Портсмутского мирного договора с Японией (1905). За уступку Японии южной части острова Сахалин получил в правой печати прозвище «граф Полусахалинский».