Результаты сравнительной геномики приводят к ключевому обобщению, которое позволяет нам выполнять продуктивные эволюционные исследования: основные единицы эволюции могут быть довольно четко определены, и единицы эти – кластеры ортологичных генов, или эволюционные домены (КОГ), или, еще точнее, линии эволюционирующих ортологичных генов (доменов). Истории отдельных генов часто сложны (а во многих случаях даже чрезвычайно сложны) и включают в себя множественные утраты генов, дупликацию и горизонтальный перенос (ниже в настоящей книге мы обсудим эти явления подробнее, см. гл. 5 и 7). Предрасположенность генов к дупликации, утрате и переносу варьирует в широких пределах. Однако, невзирая на все эти осложнения, атомарное свойство наборов ортологичных генов твердо соблюдается: КОГ суть естественные элементы генетической вселенной.
Генетическая (геномная) вселенная (это только метафора, но удобная и, возможно, продуктивная) может быть представлена как развивающееся пространство-время, заполненное кластерами, состоящими из генов (то есть КОГ), или, точнее, эволюционирующими линиями ортологов, элементарными единицами эволюции. Ортология легче всего прослеживается между прокариотическими генами, так что здесь мы обсудим прокариотическую область геномной вселенной. Тенденции среди эукариотов в принципе похожи, но осложнены распространенной мультидоменной организацией белков и обширной паралогией. В нашем геномном пространстве заметно характерное распределение КОГ по геномам, хорошо аппроксимируемое тремя экспонентами с разными показателями, которые делят генную популяцию на три класса (см. рис. 3-13, а – в; Koonin and Wolf, 2008b).
1. (Почти) универсальные гены, те, что представлены в (почти) всех геномах клеточных форм жизни, составляют лишь малую часть генетической вселенной: это ядро клеточной жизни состоит, самое большее, из приблизительно 70 генов. В каждом конкретном геноме доля этих «ядерных» генов составляет не более 10 процентов, если говорить о самых маленьких геномах клеточных форм жизни (паразитических бактерий, таких как M. genitalium), но обычно ближе к 1 проценту или менее от общего числа генов (см. рис. 3-14).
2. Умеренно консервативная генная оболочка состоит из КОГ, представленных в самых разнообразных геномах, но не в подавляющем их большинстве. Недавний анализ имеющихся прокариотических геномов дает число КОГ оболочки около 5000. Гены оболочки составляют большую часть числа генов в любом геноме (см. рис. 3-14).
3. Малоконсервативное «облако» состоит из КОГ, встречающихся в узких группах организмов, и «генов-сирот» – генов в открытых рамках считывания (ОРС), обнаруженных пока что в одном-единственном геноме, но гомологи которых обычно обнаруживаются во вновь появляющихся геномных данных. Гены «облака» составляют переменную долю в каждом геноме, обычно в интервале 10–30 процентов от общего числа генов (см. рис. 3-14).