В результате восстания китайский народ и вся Цинская империя оказались в худшем положении, чем до его начала. Коалиционные силы навязали Китаю очередной неравноправный договор, названный Заключительным протоколом, или Боксерским протоколом. Протокол был подписан еще до окончания военных действий 7 сентября 1901 г. С одной стороны договор заключило Цинское правительство, с другой — США, Япония, Германская империя, Австро-Венгрия, Российская империя, Великобритания, Франция, Италия, Испания, Бельгия и Нидерланды.
Согласно Заключительному протоколу, Китай брал на себя следующие обязательства:
1. Послать в Германию специального посла с извинениями за убийство сотрудника германской дипломатической миссии фон Кеттелера. Также китайские власти должны были поставить фон Кеттелеру памятник.
2. Послать в Японию специального посла с такими же извинениями, но за убийство члена японской дипломатической миссии Сугиямы.
3. Казнить всех лидеров повстанцев.
4. Восстановить старые и поставить новые памятники на всех христианских кладбищах империи.
5. В течение 2 лет не ввозить в страну оружие и боеприпасы.
6. Уплатить контрибуцию в 450 000 000 лян серебра (из расчёта 1 лян — 1 житель Китая). 1 лян весил 37,3 г и по обменному курсу равнялся примерно 2 рублям серебром. Россия получила 30% репараций[5], Германия — 20%, США — 7%, оставшаяся сумма была разделена между остальными государствами — членами коалиции. Выплаты должны были быть произведены до 1939 г., при этом они увеличивались на 4% каждый год, и к началу Второй мировой составили 982 238 150 лян. США получили больше, чем изначально требовали, и под давлением Лян Чэна вложили разницу в фонд помощи китайским студентам.
7. Допустить постоянную военную охрану в Посольский квартал и во все важнейшие учреждения страны. Также в Китае постоянно находились иностранные войска.
8. Срыть форты в Дату.
9. Странам-победительницам предоставлялось право возвести 12 опорных точек на пути от Пекина к морю.
10. Запрещались все общественные организации религиозного толка и направленные против иностранцев.
11. Китайским властям запрещался сбор налогов.
В 1902 г. Россия и Китай подписали ещё один договор, по которому российские войска должны были покинуть Маньчжурию, а Цинская империя обязывалась соблюдать определенные условия в регионе, выдвинутые российской стороной. Согласно русско-китайской конвенции от 1898 г. Российская империя взяла в аренду на 25 лет Порт-Артур вместе с прилегающим Ляодунским полуостровом и получила право пользования КВЖД, проходящей по маньчжурской территории.