Находясь уже за рубежом, Федоров смог с полной откровенностью изложить начальную историю Печатного двора и указать на своих покровителей, с одной стороны, и гонителей – с другой. Происки последних вынудили его свернуть свою деятельность в Москве и уехать на чужбину.
В послесловии к львовскому изданию «Апостола» 1574 года Федоров сделал знаменательное признание: «Сия же убо не туне начах поведати вам, но презелного ради озлобления, часто случающегося нам, не от самого того государя (Ивана IV), но от многих начальник и священноначальник, и учитель, которые на нас зависти ради многие ереси умышляли… Сия убо нас от земля, и отечества, и от рода нашего изгна и в иные страны незнаемы пресели».
Печатный двор находился в ведении земской Боярской думы, так что печатникам пришлось терпеть «зельное озлобление» от земского руководства. Наибольший интерес к религиозным вопросам проявлял круг земских «начальников», к которым принадлежали Иван Большой Шереметев, «канцлер» Иван Висковатый и прочие. Не среди них ли следует искать гонителей печатника Федорова?
Обвинения против кремлевского дьякона носили самый серьезный характер. Еретикам на Руси грозила тюрьма либо ссылка.
Как Федоров оказался в Литве? Литовский православный магнат Юрий Ходкевич прибыл в Москву с посольством летом 1566 года. Пока он вел переговоры о заключении перемирия, на литовско-русской границе установился недолгий мир. По-видимому, именно Юрий Ходкевич передал Грозному просьбу брата, великого гетмана литовского Григория Ходкевича оказать ему содействие в устройстве православной типографии в Литве. «Великое посольство» на Русь сопровождал огромный обоз. Видимо, с этим обозом за границу было отправлено громоздкое типографское оборудование.
Почти сразу после отъезда из России Иван Федоров нашел пристанище в селе Заблудово, вотчине Григория Ходкевича. Здесь при церкви во имя Богородицы и Николы Чудотворца московский мастер трудился с 1567 по 1570 год. Царь Иван сознавал себя покровителем и заступником всех православных людей. Именно по этой причине он удовлетворил просьбу Григория Ходкевича. Отпуск в Литву Ивана Федорова с типографскими принадлежностями был знаком доброй воли с его стороны. России нужен был мир с Литвой и Польшей.
За рубежом Иван Федоров поддерживал связи с лицами, бежавшими из России и резко враждебными царю Ивану. У него не было причин заискивать перед царем, произносить лицемерную хвалу московскому «тирану». Потому особую ценность приобретают его слова о полной непричастности государя к травле печатника в России.