Находясь в России, Анкудинов все время жил в постоянном страхе, боясь в любую минуту оказаться за решеткой. Тогда он вновь решил покинуть родину и опять пустился в странствие.
Спустя некоторое время русские купцы увидели его в Кёнигсберге, а еще через несколько месяцев – в Брабанте. Известно, что в Брабанте Анкудинов близко познакомился с императором Леопольдом I и Габсбургом.
Вскоре Анкудинов оказался в голштинском городке Нойштадте. На одной из улиц его случайно увидел когда-то давно обокраденный русским мошенником немецкий торговец Миклаф. В тот же день Анкудинова взяли под арест, после чего предали суду.
В 1653 году герцог Фридрих решил передать преступника России. При этом Анкудинов обошелся русскому правительству в 100 000 червонцев. В то время это была баснословная сумма денег, в которых так нуждалось герцогство Фридриха.
Тимофей Анкудинов был помещен в крепость, а затем перевезен в Россию.
Сопровождал его тогда обманутый им кум Шпилькин. Дважды в дороге Анкудинов хотел свести счеты с жизнью. Но оба раза его вытаскивали из петли и таким образом в целости и сохранности привезли в Москву.
На суде Анкудинов не переставал уверять всех, что он является сыном Василия Шуйского. Против него выступили многие свидетели и жертвы его афер. Наконец терпение царя было исчерпано и, не желая более слушать россказни подсудимого, он приказал казнить его.
Казнь знаменитого авантюриста состоялась в 1654 году. Он был четвертован, как и требовали государственные законы того времени.