Некоторые из начатых им реформ были свернуты. Однако нескольких реформаторов обвинили в предательстве, их наказали или казнили. Несмотря на явно хорошие личные отношения между императором и его стареющей теткой, стали распространяться слухи о том, что она с группой заговорщиков держит его во дворце под домашним арестом. Один человек, вынужденный бежать из Китая, распространял подстрекательские слухи о том, что у кормила правления в Китае встала злая ведьма. Другой, более изощренной его выдумкой, стала история о том, что шестидесятитрехлетняя Цыси тайком под видом евнухов приводит во дворец мужчин и совокупляется с ними. Этот же человек готовил против Цыси заговор с целью ее убийства.
В некоторых вопросах Роксолана могла бы понять обстановку, сложившуюся в императорском дворце. Например, на Цыси было оказано давление с тем, чтобы она предоставила двум принцам мечи санфан, даровав им таким образом право обезглавить любого человека, если они сочтут это нужным. Более умеренные придворные теперь имели все основания пристальнее следить за своими словами и действиями.
В 1898 г., стремясь противостоять грязным слухам, распространявшимся ее врагами, Цыси пошла на полный разрыв с традициями и пригласила во дворец на чай жен иностранных дипломатов. Ее гостьи нашли, что держится она по-дружески, проявляет любознательность, в ней не было и намека на жестокость, о которой они много слышали. К удивлению приглашенных, император тоже присутствовал на церемонии, хоть и не проявлял к гостьям большого интереса: он просто сидел там и беспрерывно курил.
В том же году в Китае вспыхнуло Боксерское восстание, направленное против иностранцев. Оскорбления христианских миссионеров, зачастую весьма невежественных, и принявших христианство китайцев перерастали в открытый террор. Потом, когда один молодой англичанин застрелил китайца, который на него накричал, разъяренная толпа китайцев сожгла пекинский ипподром, очень популярное среди иностранцев место. Повстанцы громили резиденции иностранных граждан и их церкви.
Когда Цыси вернулась во дворец, ее раздирали внутренние противоречия: она не знала, что делать — поддерживать восстание или подавлять его. Позже она вспоминала о том, что вопреки ее желанию поддерживавшие Боксерское восстание министры издали указ об убийстве всех иностранцев. В то же время иностранцы обвиняли ее в поддержке повстанцев и в том, что она посылала войска для предотвращения предпринимавшихся иностранцами военных попыток их разбить.
С 13 по 16 июня 1900 г. «боксеры» и их последователи разрушили и разграбили посольский квартал. Кроме того, они преследовали тех китайских торговцев, которые продавали свои товары иностранцам. Иностранцы и китайцы-христиане пытались найти убежище в храмах. Китайские слуги бежали от своих иностранных хозяев. В сельской местности «боксеры» перебили тысячи китайцев-христиан.