Получив около трехсот тысяч рублей и имущество побитых ими бояр, стрельцы послали начальника князя Ивана Андреевича Хованского потребовать воцарения и старшего брата — Ивана Алексеевича, объявив его первым царем, а Петра — вторым.
К середине лета правительство Софии из-за своевольства стрельцов потеряло контроль над столицей, и потому 13 июля двор во главе с цесаревной покинул Москву и перебрался в хорошо укрепленный Троице-Сергиев монастырь, расположенный в 75 километрах к северо-востоку от Москвы. Правда, вскоре все они вернулись в Москву, но ненадолго, и в августе снова направились в Троицу.
В то время как Софья маневрировала подобным образом, власть над стрельцами захватил начальник Стрелецкого приказа князь Иван Андреевич Хованский, в майских событиях энергично отстаивавший интересы своих подчиненнных. Стрельцы намерены были посадить Хованского на престол, но Хованский проявил нерешительность, чем тут же воспользовалась Софья. Она собрала к Троицкому монастырю дворянское ополчение, вызвала Хованского с сыном Андреем на встречу с боярами — членами Боярской думы, в которую входил и Хованский, — и когда отец и сын приехали, велела схватить и казнить их обоих без суда, обвинив в государственной измене. Заговор был обезглавлен, и стрельцы покорились воле правительницы.
Во всех этих делах главные роли сыграли сторонники Софьи и ее фавориты — один в настоящем, князь Василий Голицын, а второй в будущем — новый начальник московских стрельцов Федор Шакловитый.
Возвратившись в Москву, Софья стала участвовать во всех дворцовых и церковных церемониалах наравне с царями Иваном и Петром. Она приказала чеканить золотые монеты с ее портретом, стала надевать царскую корону и давала официальные аудиенции иноземным послам в Золотой палате Московского Кремля.
После подавления «хованщины» Голицын стал фактическим главой русского правительства и сферой своей деятельности избрал реформу военного дела и вооруженных сил и формирование внешнеполитического курса России.
В военной сфере его усилия были направлены на то, чтобы заменить стрелецкое войско и дворянское ополчение хорошо обученной, профессиональной регулярной армией. В области внешней политики он стремился заключить союз с западными странами и обратить оружие против Крыма и Турции.
В первом начинании Голицын не добился особых успехов — он лишь начал преобразования в армии, правда, сильно их продвинув, зато во втором — одержал победу. Вершиной его дипломатической деятельности стало подписание договора о «Вечном мире» с Польшей 21 апреля 1686 года.